Till umu.se

Tvåårigt postdoktorsstipendium: Modellering av det epigenetiska minnet

Umeå universitet satsar på kreativa miljöer för studier och arbete. Hos oss finns attraktiva utbildningar, världsledande forskning och utmärkta innovations- och samverkansmöjligheter. Mer än 4 100 medarbetare och 32 000 studenter har redan valt Umeå universitet. Välj oss du också.

Vi letar efter en postdoktoral forskare som vill delta i ett tvärvetenskapligt projekt som syftar till att utveckla en realistisk beräkningsmodell för det epigenetiska minnet. Sista ansökningsdag är 2018-02-15.

Projektbeskrivning
Även om alla celltyper i vår kropp har samma genom, så använder de bara en delmängd av alla gener. För att säkerställa en korrekt embryoutveckling av vår organism, till exempel att en levercell förblir en levercell, så är det avgörande att cellerna inte ändrar på vilka gener som aktiva. Detta blir särskilt problematiskt när cellerna delas eftersom dottercellen måste komma ihåg moderns celltyp. Detta problem löses av så kallade epigenetiska mekanismer. Dessa finns i alla flercelliga organismer och är evolutionärt konserverade. Om epigenetiska mekanismer fallerar kan det orsaka allvarliga sjukdomar inklusive vissa cancerformer.

Vi är intresserade av hur epigenetiska mekanismer kan programmera genomet för att kunna används på flera olika sätt. I detta projekt fokuserar vi på det epigenetiska regleringssystemet som bildas av Polycomb Group-proteiner. Vi vill veta hur Polycomb Group proteiner är hittar specifika gener, hur de undertrycker transkription, och hur epigenetiskt inaktiverade gener behålls inaktiva när celler delar sig.

För att öka vår mekanistiska förståelse för hur Polycomb-systemet fungerar, kommer vi att utveckla en beräkningsmodell som kommer att simulera epigenetiska tillstånd av kromatinet. Vi söker därför efter en postdoktor som kommer att ha en aktiv roll för att utveckla en sådan modell. Detta projekt är ett samarbete mellan Dr. Ludvig Lizanas grupp vid Institutionen för fysik, Umeå universitet www.physics.umu.se/om-institutionen/personal/ludvig-lizana och Dr. Yuri Schwartz grupp vid Institutionen för molekylärbiologi, Umeå Universitet www.molbiol.umu.se/english/research/researchers/yuri-schwartz-/. Som postdok kommer du att vara en del av båda grupperna.

Det tvååriga stipendiet är på 270 000 kr per år och finansieras av Kempe-stiftelsen. Projektet startar i Mars 2018 eller enligt överenskommelse.

Kompetenskrav
Den ideala kandidaten har doktorsexamen eller utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen i life-science, fysik, eller datalogi eller motsvarande ämnen. I första hand bör den komma i fråga som avlagt examen högst tre år före ansökningstidens utgång om inte särskilda skäl föreligger.

Det krävs en stark bakgrund i kvantitativa metoder, och ett intresse för epigenetik. Vi är speciellt intresserade av sökande med erfarenhet av modellering av biologiska system och av Monte Carlo-simuleringar. Den framgångsrika kandidaten behöver bra programmeringsförmåga i till exempel python, C ++, JavaScript eller Matlab. Även de kandidater som har erfarenheter av analys och inhämtning av genomiska data kommer att ha en fördel. Träning kommer att ges om det behövs. Alla sökande ska behärska engelska både skriftligt och muntligt.

Ansökan ska innehålla:

  1. personlig beskrivning av dig själv och en motivering till varför du söker denna tjänst (max 2 sidor),
  2. CV med publikationslista,
  3. kopior av relevanta examensbevis,
  4. en kopia på doktorsavhandlingen samt relevanta publikationer,
  5. kontaktinformation till två eller tre personliga referenser,

För mer information och för att skicka in ansökan: kontakta Yuri Schwartz yuri.schwartz@umu.se eller ludvig.lizana@umu.se med e-post-subject “postdoc in modeling epigenetics”.

Välkommen med din ansökan, märkt med Dnr FS 2.1.6-8-18. Skicka den i pdf-format till medel@diarie.umu.se (ange dnr som ärende) senast 2018-02-15.

Välkommen med din ansökan!