MONICA:s högsta beslutande instans är MONICA-forumet som utser arbetsutskott (AU) och principal investigator (PI). För att tydliggöra styrning och utveckling av MONICA:s incidensregister finns en gemensam arbetsgrupp för registren. AU utser arbetsgruppens medlemmar, en gemensam registerhållare och huvudansvarig forskare för respektive incidensregister.
PI ansvarar för kontakter med respektive region och företräder MONICA i nationella och internationella sammanhang.
Det dagliga arbetet sköts vid MONICA-sekretariatet vid Norrlands Universitetssjukhus, som också ansvarar för MONICA:s hjärtinfarkt- och strokeregister.
