Postdoktor inom genreglering

Beskrivning

UCMM- Umeå centrum för Molekylär Medicin söker en postdoktor till projekt rörande funktionen av regulatoriskt DNA under embryonalutvecklingen och i leversjukdom. Anställningen är en visstidsanställning på heltid i två år i Andreas Hörnblads forskningsgrupp. Fokus i forskningsgruppen ligger på genregulatoriska nätverk och funktionen av det icke-kodande genomet under embryonalutvecklingen och i metabola sjukdomar.  Vi använder genetiska modeller i mus och zebrafisk i kombination med sekvenseringstekniker och high-throughput genom-redigering för att studera detta.

Omprogrammering av regulatoriska sekvenser eller större omstruktureringar av arvsmassan som innefattar relokalisering av sekvenser med regulatorisk potential, är mekanismer som är viktiga för hur ryggradsdjur evolverat men har också identifierats som en potentiellt viktig mekanism när cancerceller utvecklas. Detta kan ske genom s. k. enhancer hijacking, via aktivering av vilande regulatoriska sekvenser eller via formation av nya topologiska domäner. Levercancer är den femte vanligaste cancerformen i världen och den andra ledande orsaken till cancerrelaterade dödsfall. Den vanligaste formen av levercancer, hepatocellulärt karcinom, har en stark koppling till fetma och metaboliskt syndrom. Sjukdomsbilden för levercancer är komplicerad och det är inte klart hur mycket olika gener bidrar i olika former av cancer – t. ex. mot bakgrunden av metaboliskt syndrom eller fetma. Dessutom vet man väldigt lite om hur mutationer i den icke-kodande delen av arvsmassan bidrar till sjukdomen.

Gruppen är baserad vid Umeå Centrum för Molekylär Medicin på Umeå Universitets campus. Vid institutionen finns stark forskning inom metabolism, imaging, neurovetenskap och cancer. Centret tillhandahåller all nödvändig instrumentering och ett flertal olika modellorganismer finns representerade. I laboratoriet finns en stark bakgrund i forskning om redundans och modularitet av regulatoriskt DNA (enhancers) liksom studiet av metabola sjukdomar, utvecklingsbiologi och musgenetik. Vi söker en postdoktor för att studera rollen av det ickekodande genomet i utvecklandet av levercancer vid metaboliskt syndrom och fetma.

Arbetsuppgifter

Experimentell metodik inkluderar olika former av hel-genomsekvensering (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq etc) och bioinformatikanalys för att studera genomsekvenser och epigenetiska markörer (aktivitet av enhancers, promoters etc) i tumörer från musmodeller, patienter samt i humana cell-linjer. Arbetet inkluderar genetisk manipulering av försöksdjur och cell-linjer (CRISPR/Cas9), gen- och proteinuttrycksanalyser, avancerad in vivo avbildning och mikroskopi. Du skall ha förmåga att självständigt planera experiment, utveckla metoder och genomföra analyser av data samt kommunicera resultat. Tjänsten är fullt finansierad i 2 år men du kommer också uppmuntras till att söka egna anslag. Vi söker en nyfiken och driven forskare med självständigt och kritiskt tänkande som kommer ges möjlighet att utveckla sitt vetenskapliga kunnande.

Du kommer att ha ansvar att för att:

-      Bedriva forskning inom ramen för gruppens forskningsprogram

-      Etablera metoder

-      Analysera och publicera forskningsresultat

-      Leda projekt

-      Aktivt delta i journal clubs, seminarier, handledning av studenter etc.

-      Presentera data vid nationella och internationella vetenskapliga möten

Kvalifikationer

För behörighet krävs avlagd doktorsexamen inom ämnet molekylär medicin eller närliggande discipliner och en stark bakgrund inom molekylärbiologi, genomik och bioinformatik är ett krav. Godkänd kurs i försöksdjurskunskap samt dokumenterad erfarenhet av att självständigt hantera försöksdjur är ett krav. Som postdoktor måste du kunna bedriva självständigt forskningsarbete och kunna skriva vetenskapliga rapporter och publikationer. Kunskaper i skriven och talad engelska krävs. Att sammanfatta resultat muntligt och skriftligt på engelska, liksom att ha dokumenterad god förmåga att samverka inom forskargruppen och med andra forskargrupper är ett krav.

Övriga önskvärda kvalifikationer

Praktisk erfarenhet av att arbeta med både zebrafisk- och musmodeller liksom expertis i ChIP-, RNA- och ATAC-sekvensering är önskvärda kvalifikationer. Publikationer inom metabola sjukdomar och genreglering är meriterande. 

Urvalskriterier

I första hand bör den komma ifråga som avlagt examen högst tre år före ansökningstidens utgång. Om det finns särskilda skäl kan den komma i fråga som avlagt doktorsexamen tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet eller klinisk tjänstgöring, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer eller andra liknande omständigheter.

Villkor

Heltid, visstidsanställning 2 år.