Hoppa direkt till innehållet

Information till studenter och medarbetare med anledning av covid-19 (Uppdaterad: 31 mars 2021)

printicon
Personalbild Torgeir Hvidsten

Torgeir Hvidsten

Kontakt

E-post

Verksam vid

Anknytning
Anknuten som gästforskare till Institutionen för fysiologisk botanik Enhet: Umeå Plant Science Centre - associerad personal
Plats
KBC, Fysiologisk botanik, UPSC, C4-13-29 Umeå universitet, 901 87 Umeå

Forskning:  Modellering av transkriptionella och metaboliska nätverk i träd, med hjälp av system biologi.

Vi integrerar beräkningsmässigt experimentella högdensitets data, från transkriptom-analys, metabolomik, proteomik och sekvensinformation, till nätverksmodeller för att beskriva samverkan mellan gener, proteiner och metaboliter, och de underliggande regulatoriska kopplingarna som är fastprogrammerade i trädets genome. Våra modeller, som bygger på maskininlärnings teknik, avslöjar allmänna trender i datat, och kan även predicera nya hypoteser för ytterligare experiment. Vi siktar på att uppnå synergieffekter mellan experimentell biologi och databiologi genom iterativt använda modeller för att styra experimentalister och nya experimentella resultat för att förbättra modellerna.

För mera detaljerad information, Torgeir Hvidsten@UPSC

Biotechnology for Biofuels, BioMed Central 2021, Vol. 14, (1)
Gandla, Madhavi Latha; Mähler, Niklas; Escamez, Sacha; et al.
New Phytologist, John Wiley & Sons 2020, Vol. 228, (5) : 1559-1572
Abreu, Ilka N.; Johansson, Annika I.; Sokolowska, Katarzyna; et al.
Plant Physiology, American Society of Plant Biologists 2019, Vol. 180, (1) : 404-419
Schubert, Marian; Gronvold, Lars; Sandve, Simen R.; et al.
New Phytologist, Vol. 218, (3) : 999-1014
Felten, Judith; Vahala, Jorma; Love, Jonathan; et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, NATL ACAD SCIENCES 2018, Vol. 115, (46) : E10970-E10978
Lin, Yao-Cheng; Wang, Jing; Delhomme, Nicolas; et al.
BMC Genomics, Springer Publishing Company 2018, Vol. 19
Obudulu, Ogonna; Mähler, Niklas; Skotare, Tomas; et al.
Nature Genetics, Nature Publishing Group 2018, Vol. 50, (7) : 908-909
Sandve, Simen R.; Rohlfs, Rori V.; Hvidsten, Torgeir R.
Science, American Association for the Advancement of Science (AAAS) 2018, Vol. 360, (6385) : 212-214
Tylewicz, S.; Petterle, A.; Marttila, S.; et al.
Genome Biology and Evolution, Oxford University Press 2018, Vol. 10, (10) : 2785-2800
Varadharajan, Srinidhi; Sandve, Simen R.; Gillard, Gareth B.; et al.
New Phytologist, Vol. 216, (2) : 482-494
Jokipii-Lukkari, Soile; Sundell, David; Nilsson, Ove; et al.
PLoS Genetics, PUBLIC LIBRARY SCIENCE 2017, Vol. 13, (4)
Mähler, Niklas; Wang, Jing; Terebieniec, Barbara K.; et al.
Genome Biology, BioMed Central 2017, Vol. 18
Robertson, Fiona M.; Gundappa, Manu Kumar; Grammes, Fabian; et al.
The Plant Cell, Vol. 29, (7) : 1585-1604
Sundell, David; Street, Nathaniel R.; Kumar, Manoj; et al.
Biological Procedures Online, Vol. 18
Hermansen, Russell A.; Hvidsten, Torgeir R.; Sandve, Simen Rod; et al.
New Phytologist, Vol. 212, (2) : 338-344
Ingvarsson, Pär K.; Hvidsten, Torgeir R.; Street, Nathaniel R.
Nature, Nature Publishing Group 2016, Vol. 533, (7602) : 200-205
Lien, Sigbjorn; Koop, Ben F.; Sandve, Simen R.; et al.
BMC Genomics, Vol. 17
Obudulu, Ogonna; Bygdell, Joakim; Sundberg, Bjorn; et al.
PLoS ONE, Vol. 10, (9)
Delhomme, Nicolas; Sundström, Görel; Zamani, Neda; et al.
New Phytologist, Vol. 208, (4) : 1149-1156
Sundell, David; Mannapperuma, Chanaka; Netotea, Sergiu; et al.
BMC Genomics, Vol. 15 : 106-
Netotea, Sergiu; Sundell, David; Street, Nathaniel R.; et al.
BMC Plant Biology, Vol. 14 : 276-
Robinson, Kathryn; Delhomme, Nicolas; Mahler, Niklas; et al.
BMC Genomics, BioMed Central 2013, Vol. 14 : 885-
Immanen, Juha; Nieminen, Kaisa; Duchens Silva, Hector; et al.
Journal of Proteomics, Elsevier 2013, Vol. 78 : 294-311
Miranda, Helder; Charegi, Otilia; Netotea, Sergiu; et al.
Nature, Nature Publishing Group 2013, Vol. 497, (7451) : 579-584
Nystedt, Björn; Street, Nathaniel Robert; Wetterbom, Anna; et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Vol. 108, (8) : 3418-23
Baba, Kyoko; Karlberg, Anna; Schmidt, Julien; et al.
BMC Plant Biology, Vol. 11 : 13-
Street, Nathaniel Robert; Jansson, Stefan; Hvidsten, Torgeir
BMC Bioinformatics, BioMed Central 2011, Vol. 12, (1)
Önskog, Jenny; Freyhult, Eva; Landfors, Mattias; et al.
BMC Bioinformatics, BioMed Central 2010, Vol. 11
Freyhult, Eva; Landfors, Mattias; Önskog, Jenny; et al.
Bioinformatics, Vol. 25, (10) : 1264-1270
Björkholm, Patrik; Daniluk, Pawel; Kryshtafovych, Andriy; et al.
Batch effects and noise in microarray experiments: sources and solutions, Wiley and Sons 2009 : 61-74
Fahlén, Jessica; Landfors, Mattias; Freyhult, Eva; et al.
Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, Vol. 75, (4) : 870-884
Hvidsten, Torgeir; Kryshtafovych, Andriy; Fidelis, Krzysztof
PLoS ONE, Vol. 4, (7) : e6266-
Hvidsten, Torgeir; Laegreid, Astrid; Kryshtafovych, Andriy; et al.
Bioinformatics, Vol. 25, (3) : 322-330
Wabnik, Krzysztof; Hvidsten, Torgeir; Kedzierska, Anna; et al.
Journal of Chemical Information and Modeling, Vol. 48 : 2278-2288
Strombergsson, Helena; Daniluk, Pawel; Kryshtafovych, Andriy; et al.