Hoppa direkt till innehållet

Information till studenter och medarbetare med anledning av covid-19 (Uppdaterad: 20 januari 2021)

printicon
Personalbild Torgeir Hvidsten

Torgeir Hvidsten

Kontakt

E-post

Verksam vid

Anknytning
Anknuten som gästforskare till Institutionen för fysiologisk botanik Enhet: Umeå Plant Science Centre - associerad personal
Plats
KBC, Fysiologisk botanik, UPSC, C4-13-29 Umeå universitet, 901 87 Umeå

Forskning:  Modellering av transkriptionella och metaboliska nätverk i träd, med hjälp av system biologi.

Vi integrerar beräkningsmässigt experimentella högdensitets data, från transkriptom-analys, metabolomik, proteomik och sekvensinformation, till nätverksmodeller för att beskriva samverkan mellan gener, proteiner och metaboliter, och de underliggande regulatoriska kopplingarna som är fastprogrammerade i trädets genome. Våra modeller, som bygger på maskininlärnings teknik, avslöjar allmänna trender i datat, och kan även predicera nya hypoteser för ytterligare experiment. Vi siktar på att uppnå synergieffekter mellan experimentell biologi och databiologi genom iterativt använda modeller för att styra experimentalister och nya experimentella resultat för att förbättra modellerna.

För mera detaljerad information, Torgeir Hvidsten@UPSC

2020
New Phytologist, John Wiley & Sons 2020, Vol. 228, (5) : 1559-1572
Abreu, Ilka N.; Johansson, Annika I.; Sokolowska, Katarzyna; et al.
2019
Plant Physiology, American Society of Plant Biologists 2019, Vol. 180, (1) : 404-419
Schubert, Marian; Gronvold, Lars; Sandve, Simen R.; et al.
2018
New Phytologist, Vol. 218, (3) : 999-1014
Felten, Judith; Vahala, Jorma; Love, Jonathan; et al.
2018
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, NATL ACAD SCIENCES 2018, Vol. 115, (46) : E10970-E10978
Lin, Yao-Cheng; Wang, Jing; Delhomme, Nicolas; et al.
2018
BMC Genomics, Springer Publishing Company 2018, Vol. 19
Obudulu, Ogonna; Mähler, Niklas; Skotare, Tomas; et al.
2018
Nature Genetics, Nature Publishing Group 2018, Vol. 50, (7) : 908-909
Sandve, Simen R.; Rohlfs, Rori V.; Hvidsten, Torgeir R.
2018
Science, American Association for the Advancement of Science (AAAS) 2018, Vol. 360, (6385) : 212-214
Tylewicz, S.; Petterle, A.; Marttila, S.; et al.
2018
Genome Biology and Evolution, Oxford University Press 2018, Vol. 10, (10) : 2785-2800
Varadharajan, Srinidhi; Sandve, Simen R.; Gillard, Gareth B.; et al.
2017
New Phytologist, Vol. 216, (2) : 482-494
Jokipii-Lukkari, Soile; Sundell, David; Nilsson, Ove; et al.
2017
PLoS Genetics, PUBLIC LIBRARY SCIENCE 2017, Vol. 13, (4)
Mähler, Niklas; Wang, Jing; Terebieniec, Barbara K.; et al.
2017
Genome Biology, BioMed Central 2017, Vol. 18
Robertson, Fiona M.; Gundappa, Manu Kumar; Grammes, Fabian; et al.
2017
The Plant Cell, Vol. 29, (7) : 1585-1604
Sundell, David; Street, Nathaniel R.; Kumar, Manoj; et al.
2016
Biological Procedures Online, Vol. 18
Hermansen, Russell A.; Hvidsten, Torgeir R.; Sandve, Simen Rod; et al.
2016
New Phytologist, Vol. 212, (2) : 338-344
Ingvarsson, Pär K.; Hvidsten, Torgeir R.; Street, Nathaniel R.
2016
Nature, Nature Publishing Group 2016, Vol. 533, (7602) : 200-205
Lien, Sigbjorn; Koop, Ben F.; Sandve, Simen R.; et al.
2016
BMC Genomics, Vol. 17
Obudulu, Ogonna; Bygdell, Joakim; Sundberg, Bjorn; et al.
2015
PLoS ONE, Vol. 10, (9)
Delhomme, Nicolas; Sundström, Görel; Zamani, Neda; et al.
2015
New Phytologist, Vol. 208, (4) : 1149-1156
Sundell, David; Mannapperuma, Chanaka; Netotea, Sergiu; et al.
2014
BMC Genomics, Vol. 15 : 106-
Netotea, Sergiu; Sundell, David; Street, Nathaniel R.; et al.
2014
BMC Plant Biology, Vol. 14 : 276-
Robinson, Kathryn; Delhomme, Nicolas; Mahler, Niklas; et al.
2013
BMC Genomics, BioMed Central 2013, Vol. 14 : 885-
Immanen, Juha; Nieminen, Kaisa; Duchens Silva, Hector; et al.
2013
Journal of Proteomics, Elsevier 2013, Vol. 78 : 294-311
Miranda, Helder; Charegi, Otilia; Netotea, Sergiu; et al.
2013
Nature, Nature Publishing Group 2013, Vol. 497, (7451) : 579-584
Nystedt, Björn; Street, Nathaniel Robert; Wetterbom, Anna; et al.
2011
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Vol. 108, (8) : 3418-23
Baba, Kyoko; Karlberg, Anna; Schmidt, Julien; et al.
2011
BMC Plant Biology, Vol. 11 : 13-
Street, Nathaniel Robert; Jansson, Stefan; Hvidsten, Torgeir
2011
BMC Bioinformatics, BioMed Central 2011, Vol. 12, (1)
Önskog, Jenny; Freyhult, Eva; Landfors, Mattias; et al.
2010
BMC Bioinformatics, BioMed Central 2010, Vol. 11
Freyhult, Eva; Landfors, Mattias; Önskog, Jenny; et al.
2009
Bioinformatics, Vol. 25, (10) : 1264-1270
Björkholm, Patrik; Daniluk, Pawel; Kryshtafovych, Andriy; et al.
2009
Batch effects and noise in microarray experiments: sources and solutions, Wiley and Sons 2009 : 61-74
Fahlén, Jessica; Landfors, Mattias; Freyhult, Eva; et al.
2009
Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, Vol. 75, (4) : 870-884
Hvidsten, Torgeir; Kryshtafovych, Andriy; Fidelis, Krzysztof
2009
PLoS ONE, Vol. 4, (7) : e6266-
Hvidsten, Torgeir; Laegreid, Astrid; Kryshtafovych, Andriy; et al.
2009
Bioinformatics, Vol. 25, (3) : 322-330
Wabnik, Krzysztof; Hvidsten, Torgeir; Kedzierska, Anna; et al.
2008
Journal of Chemical Information and Modeling, Vol. 48 : 2278-2288
Strombergsson, Helena; Daniluk, Pawel; Kryshtafovych, Andriy; et al.