Avancerad bioinformatik, 7,5 hp

Innehåll

Kursen ges på svenska och/eller engelska i form av en ”Case study”. Efter inledande föreläsningar om fallen (”casen”) ska studenterna arbeta självständigt. Framgång ska redovisas för föreläsaren/assistenten i regelbundna gruppdiskussioner /seminarier (minst 1-2 gånger per vecka).  Studenten skall under kursens gång visa att hon/han förstår ett biologiskt problem och på egen hand kan skapa anpassade bioinformatik algoritmer (främst av generell karaktär) och koda dem i fungerande bioinformatik program. I kursen skall studenten visa att de kan använda den kunskap som behövs för behörighet till kursen, för att lösa de givna problemen.

Förväntade studieresultat

Efter avslutad kurs ska studenterna visa förmåga att

• planera och genomföra ett avancerad bioinformatik projekt samt kritiskt bedöma kvaliteten av resultat.
• hantera, organisera, och analysera stora biologiska datamängder.
• konstruera avancerade bioinformatik program för att lösa bioinformatik problem
• konstruera och använda en databas som en del av lösningen till ett biologiskt problem.
• skapa en användargränssnitt för enkelt användning av programvaran
• utforma en teknisk manual/dokumentation för den bioinformatik programvaran, inkluderande möjliga felsökningsinstruktioner.  
• sammanfatta/rapportera projektet i form av ett manuskript på engelska
• muntligt redovisa, motivera och argumentra samt kritiskt granska sitt projekt på engelska.

Behörighetskrav

Minst 90 hp från avslutade kurser inkluderande minst 20 hp programmering i Python and Matlab, minst 7 hp bioinformatik och genomanalys eller motsvarande; engelska B/6 från gymnasieskolan.
 

Undervisningens upplägg

Kursen ges i form av en ”Case study” där studenter ska på egen hand skapa en lösning till ett större biologiskt problem under användning av bioinformatik. Den inledande delen av kursen omfattar föreläsningar och gruppdiskussioner. Huvuddelen omfattar projektarbete med inlagda stödföreläsningar, gruppdiskussioner, och redovisning av projektframgång. 

Examination

Examinationen består av tre delar.

Del ett: en individuell skriftlig rapport i form av ett manuskript för en vetenskaplig tidskrift t.ex. Bioinformatics;
Del två: skapande av ett fungerande program/programpaket tillsammans med en användbar manual/dokumentation där studenten förklarar för en biolog/användaren hur deras program/användargränssnitt fungerar;
Del tre: ett individuellt seminarieföredrag/muntlig redovisning där studenten visar att hon/han har förstått det biologiska problemet och hur hon/han har löst det med hjälp av bioinformatik verktyg. I seminariet ingår en demonstration att alla program studenten har skapat faktiskt fungerar. 

För att bli godkänd på hela kursen, krävs att samtliga obligatoriska delmoment är godkända.
På hela kursen ges något av slutbetygen Godkänd (G) eller Underkänd (U).
Vid eventuell frånvaro från obligatoriskt undervisningstillfälle beslutar examinator om ersättningsuppgift eller om studenten ska göra om moment vid ett senare tillfälle.


Studerande som ej blivit godkänd vid ordinarie tillfälle har rätt till förnyat prov, ett s.k. omprov. Det första omprovet ska erbjudas senast två månader efter det ordinarie provet, dock tidigast tio arbetsdagar efter det att resultatet av det ordinarie provet har meddelats. För prov som genomförs under maj och juni månad får första omprovet erbjudas inom tre månader efter ordinarie provtillfälle. Minst ett andra omprov (ett s.k. uppsamlingsprov) ska erbjudas inom ett år efter det ordinarie tillfället. Den som godkänts i prov får ej undergå förnyat prov för högre betyg.

En student som utan godkänt resultat har genomgått två prov för en kurs eller en del av en kurs, har rätt att få en annan examinator utsedd, om inte särskilda skäl talar emot det (HF 6 kap. 22 §). Begäran om ny examinator ställs till biträdande prefekt för institutionen för molekylärbiologi.
Föreskrifter vid övergångar
I det fall att kursplan upphör att gälla eller genomgår större förändringar, garanteras studenter minst tre provtillfällen (inklusive ordinarie provtillfälle) enligt föreskrifterna i den kursplan som studenten ursprungligen varit kursregistrerad på under en tid av maximalt två år från det att tidigare kursplan upphört att gälla eller kursen slutat erbjudas.

Tillgodoräknande
Den studerande har rätt att få prövat om tidigare utbildning eller motsvarande kunskaper och färdigheter förvärvade i yrkesverksamhet kan tillgodoräknas för motsvarande utbildning vid Umeå universitet. Ansökan om tillgodoräknande skickas in till Studentcentrum. Mer information om tillgodoräknande finns på Umeå universitets studentwebb och i högskoleförordningen (6 kap).

Övriga föreskrifter