Kursen innehåller tekniker för analys av genomiska data. Första delen behandlar metoder för att annotera genomiska sekvenser – att beskriva egenskaper och strukturer hos ett genom. Här behandlar vi metoder för att hitta gener och bestämma likhet mellan sekvenser. Gömda Markov modeller ligger till grund för flera av de metoder som beskrivs.
Den andra delen behandlar olika typer av genetisk evolution. Vi behandlar metoder för att studera genetisk variation inom och mellan arter, evolution och rekonstruering av evolutionära mekanismer. Här går vi igenom Jukes-Cantor och Kimura 2-parameter modeller, Ka/Ks kvot och fylogenetiska träd.
I kursens tredje del behandlar vi metoder för analys av microarraydata, både för cDNA och short-oligo arrayer.
Kursen är uppbyggd kring ett antal biologiska exempel. Under kursen analyseras data med hjälp av olika programpaket (t.ex. BLAST och bioconductor). En viktig del av kursen är att göra studenterna förtrogna med dessa programpaket. Obligatoriska datorlaborationer ingår.
I en examen får denna kurs ej ingå tillsammans med en annan kurs med likartat innehåll. Vid osäkerhet bör den studerande rådfråga studierektor i matematik och matematisk statistik. Kursen kan ingå i en examen som en kurs i huvudområdet beräkningsteknik.
