Kursen syftar till att ge en stark teoretisk bas i tekniker för funktionell genomanalys, en storskalig analys av olika genprodukters funktion i en organism. Genom studierna kommer studenterna att få insikt i den nya information som kommer att kunna genereras genom helgenom-/proteom-/metabolomanalys.
Kursen syftar även till att ge en introduktion till tillämpning av moderna tekniker för funktionell genomanalys. Studenterna får praktiskt lära sig att ställa upp ett försök för storskalig genomanalys.
Förväntade studieresultat
Efter avklarad kurs skall studenterna kunna:
- förstå och beskriva koncepten Genomik, Proteomik, Metabolomik
- beskriva olika strategier för storskalig sekvensering, genom sekvensering, fördelar och nackdelar med dessa.
- beskriva generella principer för Differentiell Gen Expression analys (DGE, transkriptom analys), och kriterier för dessa.
- beskriva principen för tillverkning av spotted microarrays (Stanford technique), hur dessa används, vilken typ av data som skapas och hur denna kan analyseras.
- beskriva principen för tillverkning av oligobaserade microarrays (Affymetrix technique etc.), hur dessa används, vilken typ av data som skapas och hur denna kan analyseras.
- beskriva tekniker som används för Proteomik studier, provberedning, separation och analys instrument. Samt förstå hur man kan studera post-translationell modifiering genom användning av Proteomik verktyg. Samt hur man kan använda erhållna data för att söka i databaser och på så sätt identifiera proteiner.
- beskriva tekniker som används för Metabolomik studier.. Hur data kan analyseras, och t.ex. hur fenotypiska metabolom profiler kan skapas.
- beskriva svårigheterna med och lösningar till visualisering av hög-densitets data.
- beskriva hur man kan jobba med ett modell system för att klargöra specifika geners eller proteiners funktion i organismen.
Behörighetskrav
Univ: Genetik 15 hp eller Molekylär genetik 15 hp eller Immunologi 15 hp eller Växters cell- och molekylärbiologi 15 hp eller motsvarande. En A och svenska för grundläggande behörighet för högskolestudier om utbildningen ges på svenska.
Undervisningens upplägg
Kursen indelas i följande två moment:
Teori 7,5 ECTS
Under momentet behandlas begreppen genomik, proteomik och metabolomik. Vidare kommer robotisering och miniatyrisering att tas upp. Kursen kommer även att belysa lösningar för visualisering av högdensitetsdata. Undervisningen omfattar föreläsningar, demonstrationer, gruppdiskussioner, litteraturdiskussioner, egen presentation av vald vetenskaplig artikel.
Tillämpning 7,5 ECTS
Under momentet tillämpas tekniker för genomik, proteomik och metabolomik.
Det praktiska arbetet utförs i grupper om 2-3 studenter som arbetar med en specifik problemställning hos en aktiv forskare ute på en institution. Handledaren ger stöd vid arbetets planering och genomförande. Arbetet sammanställs i en vetenskaplig rapport samt redovisas muntligt. Vid muntliga presentationen tillämpas opponeringsförfarande.
Samtlig undervisning, diskussioner, redovisningar och presentationer sker på engelska.
Examination
Den teoretiska kursdelen avslutas med skriftlig examen. Den tillämpade delen examineras med skriftlig rapportskrivning samt obligatorisk muntlig presentation. För godkänt betyg på kursen krävs även att man deltagit i gruppdiskussioner, demonstrationer, egen artikelpresentation, samt att inlämnade skriftliga diskussionsprotokoll godkänts. Betyg som ges är Underkänd (U), Godkänd(G) och Väl Godkänd(VG). Studerande som underkänts, har rätt att undergå förnyat prov för att få godkänt betyg. En student som utan godkänt resultat har genomgått två prov för en kurs eller en del av en kurs, har rätt att få en annan examinator utsedd, om inte särskilda skäl talar emot det (HF 6 kap. 22 §). Begäran om ny examinator ställs till prefekten vid institutionen för fysiologisk botanik.
Litteratur
Litteraturlistan är inte tillgänglig via den webbaserade utbildningskatalogen.
Kontakta aktuell institution.
