Jämförande genomik, 7,5 hp

Innehåll

Kursen behandlar centrala koncept inom jämförande genomik, inklusive genommontering, annotering, genomjämförelser, fylogenomik och pangenomik. Studenten introduceras till metoder för att analysera sekvenseringsdata, identifiera evolutionära relationer och utforska variation inom och mellan arter. Fokus ligger på att förstå och tillämpa bioinformatiska arbetsflöden för jämförande genomik på avancerad nivå, med betoning på biologisk tolkning och kritisk analys.

Förväntade studieresultat

Kunskap och förståelse
1. Redogöra för principer för genommontering, annotering, fylogenomik och pangenomik.
2. Förstå centrala metoder för jämförande analyser av genom och evolutionära processer.

Färdighet och förmåga
3. Tillämpa bioinformatiska metoder för att montera, annotera och jämföra genom.
4. Identifiera ortologi och synteny samt analysera evolutionära mönster.
5. Konstruera och tolka fylogenetiska analyser.
6. Bygga och analysera pangenom samt presentera resultat muntligt och skriftligt.

Värderingsförmåga och förhållningssätt
7. Kritiskt utvärdera genommonteringar, annotationer och jämförande analyser avseende kvalitet, reproducerbarhet och biologisk relevans.

Behörighetskrav

För tillträde till kursen krävs minst 60 avklarade högskolepoäng inom områdena biologi, biomedicin, molekylärbiologi, molekylär ekologi, molekylär evolution, genetik eller andra relaterade ämnen. Av dessa måste minst 7,5 högskolepoäng vara i bioinformatik och 15 högskolepoäng vara i molekylärbiologi, molekylär ekologi eller molekylär evolution, 7,5 högskolepoäng i biokemi, kemi, matematik eller statistik, 7,5 högskolepoäng i genetik och 15 hp på avancerad nivå inom bioinformatik eller närliggande områd. Engelska 6/nivå 2.

Undervisningens upplägg

Undervisningen består av föreläsningar, handledda datalaborationer och projektarbete.
Undervisningen sker normalt på engelska, men kan genomföras på svenska om det inte finns behov av engelska. För att delta i kursen behöver varje student ha tillgång till en egen dator med internetuppkoppling, och möjlighet att själv installera nödvändig programvara.

Examination

Examinationen på kursen sker genom skriftliga inlämningsuppgifter, en muntlig presentation och ett individuellt projekt. På kursen sätts något av betygen Underkänd (U), Godkänd (G) eller Väl Godkänd (VG). För att bli godkänd på hela kursen krävs att samtliga examinerande delar är godkända och kursbetyget avgörs av betyget på det individuella projektet.
Studerande som ej blivit godkänd vid ordinarie tillfälle har rätt till förnyat prov, ett s.k. omprov. Det första omprovet ska erbjudas senast två månader efter det ordinarie provet, dock tidigast tio arbetsdagar efter det att resultatet av det ordinarie provet har meddelats. För prov som genomförs under maj och juni månad får första omprovet erbjudas inom tre månader efter ordinarie provtillfälle. Minst ett andra omprov (ett s.k. uppsamlingsprov) ska erbjudas inom ett år efter det ordinarie tillfället.

Den som godkänts i prov får ej undergå förnyat prov för högre betyg. En student som utan godkänt resultat har genomgått två prov för en kurs eller en del av en kurs, har rätt att få en annan examinator utsedd, om inte särskilda skäl talar emot det (HF 6 kap. 22 §). Begäran om ny examinator ställs till prefekten vid Fysiologisk botanik.
Examinator kan besluta om avsteg från kursplanens examinationsform. Individuell anpassning av examinationsformen ska övervägas utifrån studentens behov. Examinationsformen anpassas inom ramen för kursplanens förväntade studieresultat. Student som har behov av en anpassad examination, och som har erhållit ett beslut om rätt till stöd från samordnare för studenter med funktionsnedsättning vid Studentcentrum, ska senast 10 arbetsdagar innan examinationen begära anpassning hos kursansvarig institution. Examinator beslutar om anpassad examination som sedan meddelas studenten.

Övergångsbestämmelser

I det fall att kursplan upphör att gälla eller genomgår större förändringar, garanteras studenter minst tre provtillfällen (inklusive ordinarie provtillfälle) enligt föreskrifterna i den kursplan som studenten ursprungligen varit kursregistrerad på under en tid av maximalt två år från det att tidigare kursplan upphört att gälla eller att kursen slutat ges.