Programmering i Python för bioinformatik, 7,5 hp

Innehåll

Kursen ger en praktisk introduktion till Python anpassad för bioinformatiker, med fokus på att bearbeta biologiska data, skriva skript och kommandoradsverktyg, använda relevanta paket och hantera arbetsflöden. Kursen inkluderar arbete med textfiler, datastrukturer, paket, verktyg och interaktiva beräkningsmiljöer.

Förväntade studieresultat

Kunskap och förståelse

• Förklara grundläggande programmeringskoncept (till exempel datatyper, loopar, villkor, funktioner, objekt, referenser).
• Förklara Pythons grundläggande syntax och semantik.

Färdighet och förmåga

• Bearbeta biologiska data i vanliga filformat (till exempel FASTA, GFF).
• Skriva strukturerad Python-kod för bioinformatiska problem.
• Använda arbetsflödeshanteringssystem för att automatisera analyser.
• Arbeta i interaktiva beräkningsmiljöer.

Värderingsförmåga och förhållningssätt

• Kritiskt utvärdera Python-baserade bioinformatiska analyser.

Behörighetskrav

För tillträde till kursen krävs minst 60 avklarade högskolepoäng inom områdena biologi, biomedicin, molekylärbiologi, molekylär ekologi, molekylär evolution, genetik eller andra relaterade ämnen. Av dessa måste minst 7,5 högskolepoäng vara i bioinformatik och 15 högskolepoäng vara i molekylärbiologi, molekylär ekologi eller molekylär evolution, 7,5 högskolepoäng i biokemi, kemi, matematik eller statistik och 7,5 högskolepoäng i genetik. Engelska 6/nivå 2.

Undervisningens upplägg

Undervisningen består av föreläsningar, lärarledda övningar och datorlaborationer.

Undervisningen sker normalt på engelska, men kan genomföras på svenska om det inte finns behov av engelska. För att delta i kursen behöver varje student ha tillgång till en egen dator med internetuppkoppling, och möjlighet att själv installera nödvändig programvara.

Examination

Kursen examineras genom skriftliga inlämningsuppgifter och en individuell muntlig examination. På hela kursen ges något av betygen U (Underkänd), G (Godkänd) eller VG (Väl Godkänd). För betyget G på kursen krävs godkänt resultat (G) på samtliga examinerande moment. För betyget VG på kursen krävs att alla examinationer är godkända och att den muntliga examinationen bedömts med väl godkänt resultat (VG).

Anpassad examination
För student som har beslut om rekommenderat stöd på grund av funktionsnedsättning kan examinator besluta om avsteg från kursplanens examinationsform. Individuell anpassning av examinationsformen ska övervägas utifrån studentens behov och kursens förväntade studieresultat. För mer information se Handläggningsordning för stöd till studenter med funktionsnedsättning samt Regel för betyg och examination.

Övergångsbestämmelser

I det fall att kursplan upphör att gälla eller genomgår större förändringar, garanteras studenter minst tre provtillfällen (inklusive ordinarie provtillfälle) enligt föreskrifterna i den kursplan som studenten ursprungligen varit kursregistrerad på under en tid av maximalt två år från det att tidigare kursplan upphört att gälla eller att kursen slutat ges.