Avancerad bioinformatik, 7,5 hp

Innehåll

Kursen ges i form av en ”Case study”. Efter inledande föreläsningar om fallen (”casen”) ska studenterna arbeta självständigt, under tillgång till handledning. Implementering av lösning ska ske enligt moderna metoder och arbetsflöden som tillämpas inom bioinformatik. Material för att lära sig dessa metoder kommer göras tillgängligt, men även metoder som angetts som behörighetskrav kommer användas. Kursen kommer lägga stor vikt på hur uppgiften löses för att förmedla ett professionellt tillvägagångssätt. Projekten redovisas i slutet av kursen.

Förväntade studieresultat

Efter avklarad kurs ska studenterna kunna, med avseende på:

Kunskap och förståelse:
• Visa förståelse för principer och metoder för att planera, genomföra och utvärdera avancerade bioinformatikprojekt

Färdighet och förmåga:
• planera och genomföra ett avancerat bioinformatikprojekt samt kritiskt bedöma kvaliteten av resultatet
• använda sig av versionshantering för att dokumentera utvecklingsprocessen och samarbeta med andra bioinformatiker
• presentera resultat för användare genom att tillhandahålla interaktiva visuella verktyg
• hantera intellektuella rättigheter och tillämpa vanliga licenser
• dokumentera bioinformatisk kod med standardiserade metoder
• producera kod med hög modularitet och enligt accepterade riktlinjer
• integrera typiska storskaliga dataset för att dra slutsatser inom biologi
• konstruera och använda en databas för bioinformatisk problemlösning
• presentera projektet muntligt och skriftligt, på engelska
• kritiskt granska, motivera och argumentera för lösningar i sitt samt andra gruppers projekt, på engelska.

Värderingsförmåga och förhållningssätt:
• Identifiera sitt kunskapsbehov och ta ansvar för sitt eget lärande

Behörighetskrav

90 hp från avslutade kurser inkluderande minst 15 hp från en kombination av kurser i programmering och bioinformatik varav minst 7,5 hp programmering.

Undervisningens upplägg

Kursen ges i form av en ”Case study” där studenter samarbetar i grupp för att skapa en lösning till ett större biologiskt problem med användning av bioinformatik. Studiematerial utgörs främst av artiklar, tutorials och förinspelade föreläsningar. Studenterna har tillgång till handledning under hela kursen. Kursen ges på engelska men kan ges på svenska om behov av engelska saknas.

Deltagare bör ha tillgång till egen dator med Unix-likt operativsystem (tex OSX, Linux, eller Ubuntu-i-windows).

Examination

Studenterna arbetar och examineras i grupp men med individuell bedömning. Kursen examineras genom en muntlig presentation, samt kontinuerlig uppföljning av gruppens arbete där individuell aktivitet följs upp med hjälp av versionshantering.

Samtliga förväntade studieresultat examineras under den muntliga presentationen, bedömningen för den muntliga presentationen är Godkänd (G) eller Underkänd (U). Det praktiska arbetet examineras med hjälp av specificerade bedömningskriterier vilken ges ut i början av kursen. Aktiva gruppmedlemmar ges poäng enligt bedömningskriterier och bedömning sätts därefter enligt antal poäng i slutet av kursen. För godkänt betyg på kursen (3 eller G) krävs att den muntliga presentationen är godkänd. För att få betyget Med beröm godkänd (5) krävs även 90% av totala antalet poäng från bedömningskriterierna, Icke utan beröm godkänd (4) 70%, Godkänd (3) 50%, Väl godkänd (VG) 80%, Godkänd (G) 50%. Om grupper med avvikande storlek bildas så kommer justerade poängnivåer fastställas i början av kursen.

Studerande som ej blivit godkänd vid ordinarie tillfälle har rätt till förnyat prov, ett s.k. omprov. Det första omprovet ska erbjudas senast två månader efter det ordinarie provet, dock tidigast tio arbetsdagar efter det att resultatet av det ordinarie provet har meddelats. För prov som genomförs under maj och juni månad får första omprovet erbjudas inom tre månader efter ordinarie provtillfälle. Minst ett andra omprov (ett s.k. uppsamlingsprov) ska erbjudas inom ett år efter det ordinarie tillfället. Den som godkänts i prov får ej undergå förnyat prov för högre betyg. Projekt för grupper som inte uppnår godkänd nivå vid kursens slut kommer, efter vidare arbete, utvärderas fyra gånger efter ordinarie examination.

En student som utan godkänt resultat har genomgått två prov för en kurs eller en del av en kurs, har rätt att få en annan examinator utsedd, om inte särskilda skäl talar emot det (HF 6 kap. 22 §). Begäran om ny examinator ställs till biträdande prefekt för institutionen för molekylärbiologi.

Examinator kan besluta om avsteg från kursplanens examinationsform. Individuell anpassning av examinationsformen ska övervägas utifrån studentens behov. Examinationsformen anpassas inom ramen för kursplanens förväntade studieresultat. Student som har behov av en anpassad examination ska senast 10 dagar innan examinationen begära anpassning hos kursansvarig institution. Examinator beslutar om anpassad examination som sedan meddelas studenten.

Övriga föreskrifter

Den studerande har rätt att få prövat om tidigare utbildning eller motsvarande kunskaper och färdigheter förvärvade i yrkesverksamhet kan tillgodoräknas för motsvarande utbildning vid Umeå universitet. Ansökan om tillgodoräknande skickas in till Studentcentrum. Mer information om tillgodoräknande finns på Umeå universitets studentwebb och i högskoleförordningen (6 kap).

Övergångsbestämmelser

I det fall att kursplan upphör att gälla eller genomgår större förändringar, garanteras studenter minst tre provtillfällen (inklusive ordinarie provtillfälle) enligt föreskrifterna i den kursplan som studenten ursprungligen varit kursregistrerad på under en tid av maximalt två år från det att tidigare kursplan upphört att gälla eller kursen slutat erbjudas.