Bioinformatik och genomanalys, 7,5 hp

Innehåll

Kursen är en introduktion till bioinformatik och ger grundläggande färdighetsträning i bioinformatik. Kursen behandlar grundläggande informationssökning, introduktion till R och Linux kommandorad, statistik och linjära modeller, analys av genomikdata samt vanliga verktyg för dataintegration.

Förväntade studieresultat

Efter avklarad kurs ska studenterna kunna, med avseende på:

Kunskap och förståelse:

• Veta vilka som är de vanligaste databaserna för biologidata

• Visa förståelse för hur vanliga typer av biologidata sparas i datorer

• Visa kunskap om de vanligaste verktygen för basal bioinformatik

• Förklara hur en designmatris kan användas för att modellera vanliga biologiska problem

• Förklara vanliga distansmått för jämförelse av biologidata

*Färdighet och förmåga:*

• Inhämta vanliga biologiska data från onlineresurser och använda vanliga onlineverktyg relevanta för bioinformatik

• Använda grundläggande Linux-kommandon för filhantering och exekvering av mjukvara

• Skapa grundläggande skript i R med hjälp av dokumentation på internet

• Lösa grundläggande statistiska problem med hjälp av programmering

• Visualisera data med vanliga verktyg och programmatiskt

• Tillämpa linjära modeller för att lösa vanliga biologiska problem

• Utföra grundläggande NGS-analyser

• Jämföra storskaliga dataset med vanliga metoder

• Visa färdighet i att bedöma och tolka sekvensjämförelseresultat samt de fylogenetiska samband som kan fås från sekvensjämförelser

*Värderingsförmåga och förhållningssätt:*

• Bedöma när FAIR-principerna ska tillämpas

Behörighetskrav

30 hp från en kombination av avslutade kurser i kemi, matematik och matematisk statistik, varav minst 5 hp vardera av biokemi, linjär algebra och matematisk statistik; 35 hp från avslutade kurser i biologi, innehållande minst 15 hp i cell- och molekylärbiologi och minst 5 hp i molekylärgenetik; 5 hp programmeringsteknik (Python).

Undervisningens upplägg

Kursen innehåller inspelade föreläsningar som behandlar teori och det praktiska arbetsflödet, samt individuella uppgifter. Stor vikt läggs på praktisk övning genom individuella uppgifter med steg-för-steg-instruktioner. Stor del av kursen ges online i och med de inspelade föreläsningarna. De individuella övningarna kan studenterna utföra på distans men de erbjuds också lärarledda lektioner där de kan arbeta med de individuella uppgifterna.

Undervisningen sker på engelska.

Examination

Kursen examineras med individuell skriftlig salstentamen och betyget på kursen baseras på bedömningen av den individuella salstentamen. På tentamen samt på hela kursen ges för studenter på ingenjörsprogram något av betygen underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4) och med beröm godkänd (5). För övriga studenter ges betygen underkänd (U), godkänd (G) och väl godkänd (VG).

Kursledare kan besluta att aktivt deltagande i icke-obligatoriska uppgifter, case eller diskussionsforum ska ge bonuspoäng att lägga till tentamensresultatet, dock ej överstigande 10% av totalpoängen av tentamen. Det ankommer kursledaren att vid kursstart informera om vilka moment som ger bonuspoäng och vad som krävs för erhålla dem.

Studerande som ej blivit godkänd vid ordinarie tillfälle har rätt till förnyat prov, ett s.k. omprov. Det första omprovet ska erbjudas senast två månader efter det ordinarie provet, dock tidigast tio arbetsdagar efter det att resultatet av det ordinarie provet har meddelats. För prov som genomförs under maj och juni månad får första omprovet erbjudas inom tre månader efter ordinarie provtillfälle. Minst ett andra omprov (ett s.k. uppsamlingsprov) ska erbjudas inom ett år efter det ordinarie tillfället. Den som godkänts i prov får ej undergå förnyat prov för högre betyg.

En student som utan godkänt resultat har genomgått två prov för en kurs eller en del av en kurs, har rätt att få en annan examinator utsedd, om inte särskilda skäl talar emot det (HF 6 kap. 22 §). Begäran om ny examinator ställs till biträdande prefekt för institutionen för molekylärbiologi.

Examinator kan besluta om avsteg från kursplanens examinationsform. Individuell anpassning av examinationsformen ska övervägas utifrån studentens behov. Examinationsformen anpassas inom ramen för kursplanens förväntade studieresultat. Student som har behov av en anpassad examination ska senast 10 dagar innan examinationen begära anpassning hos kursansvarig institution. Examinator beslutar om anpassad examination som sedan meddelas studenten.

Övriga föreskrifter

Den studerande har rätt att få prövat om tidigare utbildning eller motsvarande kunskaper och färdigheter förvärvade i yrkesverksamhet kan tillgodoräknas för motsvarande utbildning vid Umeå universitet. Ansökan om tillgodoräknande skickas in till Studentcentrum. Mer information om tillgodoräknande finns på Umeå universitets studentwebb och i högskoleförordningen (6 kap).

Övergångsbestämmelser

I det fall att kursplan upphör att gälla eller genomgår större förändringar, garanteras studenter minst tre provtillfällen (inklusive ordinarie provtillfälle) enligt föreskrifterna i den kursplan som studenten ursprungligen varit kursregistrerad på under en tid av maximalt två år från det att tidigare kursplan upphört att gälla eller kursen slutat erbjudas.