Bioinformatik och genomanalys, 7,5 hp

Innehåll

Kursen är en introduktion till bioinformatik och ger grundläggande färdigheter i bioinformatik. Kursen behandlar grundläggande informationssökning, vanliga bioinformatiska algoritmer, Linux kommandorad, användning av Pyton för statistisk analys och visualisering, analys av bioinformatik- och genomikdata samt verktyg för dataintegration.

Kursen innehåller två moduler; teori (4,5 hp) samt grupparbete (3 hp). Teorimodulen omfattar grundläggande bioinformatiska algoritmer och resurser, samt tillämpningar och tolkningar av resultat. Grupparbetet bygger vidare på teorimodulen och innehåller ett forskningsprojekt som integrerar proteinbioinformatik och cancergenomikdata. Grupparbetet innehåller även en skriftlig rapport och en muntlig presentation.

Förväntade studieresultat

Efter avklarad kurs ska studenterna kunna, med avseende på:

Kunskap och förståelse:

• Visa förmåga att använda allmänna databaser, såsom NCBI, UniProt, och PDB, för biologiska data
• Visa förståelse för hur olika typer av biologiska data sparas i datorer
• Visa kunskap om verktyg för bioinformatik och genomik
• Förklara hur grundläggande bioinformatiska algoritmer fungerar
• Förklara distansmått för jämförelse av biologidata

Färdighet och förmåga:

• Inhämta vanliga biologiska data från onlineresurser och använda vanliga onlineverktyg relevanta för bioinformatik
• Använda grundläggande Linux-kommandon för filhantering och exekvering av mjukvara
• Använda Python för statistisk analys och datavisualisering.
• Visa medvetenhet om vilka bioinformatiska verktyg, datatyper och format som krävs för vanliga bioinformatiska analyser.
• Tolka och integrera olika typer av bioinformatiska resultat i ett biologiskt sammanhang.
• Utföra sekvensanalyser.
• Jämföra storskaliga dataset med vanliga metoder
• Visa färdighet i att bedöma och tolka sekvensjämförelseresultat samt de fylogenetiska samband som kan fås från sekvensjämförelser

Värderingsförmåga och förhållningssätt:

• Bedöma när FAIR-principerna ska tillämpas

Behörighetskrav

30 hp från en kombination av avslutade kurser i kemi, matematik och matematisk statistik, varav minst 5 hp vardera av biokemi, linjär algebra och matematisk statistik; 35 hp från avslutade kurser i biologi, innehållande minst 15 hp i cell- och molekylärbiologi och minst 5 hp i molekylärgenetik; 5 hp programmeringsteknik (Python).

Undervisningens upplägg

Kursen innehåller både campusförlagda och inspelade föreläsningar. Förutom teori, läggs stor vikt på praktisk övning genom individuella uppgifter, gruppuppgifter och tolkning av resultat i teorimodulen. En del av lärandet sker genom gruppbaserade uppgifter där studenterna tillämpar bioinformatiska metoder. Ett större grupparbete där studenterna utför ett forskningsprojekt ingår. Forskningsprojektet inkluderar litteratur, rapportskrivande och muntlig redovisning. Lärarledda arbetspass erbjuds där studenterna aktivt kan arbeta med uppgifterna och grupparbetet.

Undervisningen sker på engelska.

Examination

Kursen examineras med individuell skriftlig salstentamen samt skriftlig och muntlig examination av grupparbete. Examinationen av grupparbetet utförs i grupp men med individuell bedömning. Den skriftliga tentamen bedöms med något av betygen Underkänd (U), Godkänd (G) eller Väl godkänd (VG). Grupparbetet bedöms med något av betygen Underkänd (U) eller Godkänd (G). Betyg på hel kurs sätts först när samtliga examinerande moment har genomförts och bedömts. För betyget Godkänd (G) på kursen krävs att samtliga examinationer bedömts med minst betyget Godkänd (G). För betyget Väl godkänd (VG) på hela kursen krävs förutom godkänt på grupparbetet även bedömningen Väl godkänd (VG) på den skriftliga tentamen.

Vid eventuell frånvaro från obligatoriskt undervisningstillfälle beslutar examinator om ersättningsuppgift eller om studenten ska göra om moment vid ett senare tillfälle. För att bli godkänd på hela kursen krävs att arbeten är redovisade enligt föreskrivna ramar.

Kursledare kan besluta att aktivt deltagande i icke-obligatoriska uppgifter ska ge bonuspoäng att lägga till tentamensresultatet, dock ej överstigande 10% av totalpoängen av tentamen. Det ankommer kursledaren att vid kursstart informera om vilka moment som ger bonuspoäng och vad som krävs för erhålla dem. Bonuspoängen kan användas för ordinarie tentamen samt de två omtentamenstillfällen som erbjuds innan nästa tillfälle av kursen ges.

För studerande som inte blivit godkänd vid ordinarie provtillfälle anordnas förnyat provtillfälle i enlighet med Umeå universitets Regler för betyg och examination på grund- och avancerad nivå (FS 1.1-574-22). Det första omprovet erbjuds senast två månader efter ordinarie provtillfälle. Undantaget de fall då ordinarie prov äger rum i maj eller juni månad, då erbjuds istället ett första omprovstillfälle inom tre månader efter ordinarie provtillfälle. Dessutom erbjuds ytterligare minst ett omprov inom ett år från ordinarie provtillfälle. Vid underkänt resultat hänvisas därefter studenten till tentamen nästa gång kursen/moment ges.

En student som utan godkänt resultat har genomgått två prov för en kurs eller en del av en kurs, har rätt att få en annan examinator utsedd, om inte särskilda skäl talar emot det (HF 6 kap. 22 §). Begäran om ny examinator ställs till biträdande prefekt för institutionen för molekylärbiologi.

För student som har beslut om rekommenderat stöd på grund av funktionsnedsättning kan Examinator besluta om avsteg från kursplanens examinationsform. Individuell anpassning av examinationsformen ska övervägas utifrån studentens behov och kursens förväntade studieresultat. För mer information se Handläggningsordning för stöd till studenter med funktionsnedsättning samt Regel för betyg och examination.

Övriga föreskrifter

Den studerande har rätt att få prövat om tidigare utbildning eller motsvarande kunskaper och färdigheter förvärvade i yrkesverksamhet kan tillgodoräknas för motsvarande utbildning vid Umeå universitet. Ansökan om tillgodoräknande skickas in till Studentcentrum. Mer information om tillgodoräknande finns på Umeå universitets studentwebb och i högskoleförordningen (6 kap).

Kursen kan inte inkluderas i en examen tillsammans med kursen Introduktion till bioinformatik.

Övergångsbestämmelser

I det fall att kursplan upphör att gälla eller genomgår större förändringar, garanteras studenter minst tre provtillfällen (inklusive ordinarie provtillfälle) enligt föreskrifterna i den kursplan som studenten ursprungligen varit kursregistrerad på under en tid av maximalt två år från det att tidigare kursplan upphört att gälla eller kursen slutat erbjudas.