Avancerat projekt i bioinformatik, 15 hp

Innehåll

Kursen genomförs som ett självständigt forskningsprojekt eller undersökning inom en akademisk miljö. Studenten har under kursens gång möjlighet att både fördjupa och bredda sin kunskap inom bioinformatik samt att tillämpa den kunskap som studenten tillägnat sig under sin utbildning.

Studenten ges möjlighet att utveckla sin förmåga att självständigt genomföra och rapportera ett omfattande projekt. Arbetet genomförs med vetenskaplig metod och innefattar forskningskomponenter. Studenten medverkar i projektplanering och utförande av arbetet samt dokumenterar och rapporterar de erhållna resultaten, skriftligt och muntligt.

Förväntade studieresultat

Efter avklarad kurs ska studenterna kunna, med avseende på:

Kunskap och förståelse:

• Visa på fördjupning och breddning av sina teoretiska och praktiska kunskaper i det bioinformatiska området

Färdighet och förmåga:

• Visa förmåga att inhämta information från såväl översiktsartiklar som vetenskapliga originalartiklar

• Uppvisa färdigheter i analys och metodval som reflekterar kursens begränsade tidstillgång.

• Visa förmåga att kritiskt och systematiskt tillämpa teoretiska kunskaper och praktiska färdigheter för att självständigt lösa vetenskapliga problem

• Demonstrera förmåga att kritiskt analysera och utvärdera egna genererade resultat

• Visa förmåga att jämföra de egna genererade resultaten med dem från annan forskning och reflektera över deras skillnader och likheter

• Visa förmåga att redovisa arbetet i en skriftlig vetenskaplig rapport på engelska

• Visa förmåga att redovisa resultat från projektet muntligen på engelska

• Visa förmåga att dokumentera kod genom versionshantering

Värderingsförmåga och förhållningssätt:

• Visa på insikt om de krav som ställs för att kunna lösa vetenskapliga problem

Behörighetskrav

180 hp från avslutade kurser, varav 60 hp från en kombination av avslutade kurser i bioinformatik, matematik, matematisk statistik och/eller datavetenskap (programmering, databaser, algoritmer), varav minst 20 hp i programmering; engelska 6/nivå 2 från gymnasieskolan.

Undervisningens upplägg

Kursen inleds med en allmän genomgång av arbetets upplägg och examination med fokus på förväntade studieresultat och vetenskaplig rapportering. Projektet utförs under handledning och omfattar en fördjupningsuppgift som ansluter till den verksamhet som äger rum på en institution där forskning bedrivs, en offentlig förvaltning eller ett företag. Projekt inom universitetet handleds av lärare på berörd institution. För studenter som utför projektet utanför universitetet skall det finnas en handledare inom universitetet samt en vid arbetsplatsen. För dessa studenter gäller även att de ska ges möjlighet att delta i det dagliga arbetet vid arbetsplatsen.

Undervisningsspråket är engelska men undervisningen kan ske på svenska om behovet av engelska saknas.

Examination

• Praktiska och teoretiska aktiviteter examineras under kursens gång i individuella diskussioner med handledaren. Dessa diskussioner avser att utvärdera viktiga milstolpar för projektet och testa studentens förmåga att förstå både metod och den underliggande teorin samt förmågan att analysera experimentresultat och dra slutsatser från dessa.

• Individuell muntlig presentation på engelska, i form av ett forskningsseminarium.

• Individuell skriftlig rapport på engelska, i form av en vetenskaplig forskningsartikel.

• Dokumentation av analys genom användande av versionshanteringsverktyg (tex Git)

För kursen ges något av betygen Underkänd (U), Godkänd (G) eller Väl godkänd (VG). För betyget Godkänd (G) på hela kursen måste studenten fått bedömningen Godkänd (G) på samtliga examinationer. För betyget Väl godkänd (VG) på hela kursen måste studenten fått bedömningen Väl godkänd (VG) på den skriftliga rapporten samt Godkänd (G) på resterande examinationer. Betyg på kursen beslutas först när samtliga prov är bedömda.

Studerande som ej blivit godkänd vid ordinarie tillfälle har rätt till förnyat prov, ett s.k. omprov. Det första omprovet ska erbjudas senast två månader efter det ordinarie provet, dock tidigast tio arbetsdagar efter det att resultatet av det ordinarie provet har meddelats. För prov som genomförs under maj och juni månad får första omprovet erbjudas inom tre månader efter ordinarie provtillfälle. Minst ett andra omprov (ett s.k. uppsamlingsprov) ska erbjudas inom ett år efter det ordinarie tillfället. Den som godkänts i prov får ej undergå förnyat prov för högre betyg.

En student som utan godkänt resultat har genomgått två prov för en kurs eller en del av en kurs, har rätt att få en annan examinator utsedd, om inte särskilda skäl talar emot det (HF 6 kap. 22 §). Begäran om ny examinator ställs till biträdande prefekt för institutionen för molekylärbiologi.

Examinator kan besluta om avsteg från kursplanens examinationsform. Individuell anpassning av examinationsformen ska övervägas utifrån studentens behov. Examinationsformen anpassas inom ramen för kursplanens förväntade studieresultat. Student som har behov av en anpassad examination ska senast 10 dagar innan examinationen begära anpassning hos kursansvarig institution. Examinator beslutar om anpassad examination som sedan meddelas studenten.

Övriga föreskrifter

Tillgodoräknande

Den studerande har rätt att få prövat om tidigare utbildning eller motsvarande kunskaper och färdigheter förvärvade i yrkesverksamhet kan tillgodoräknas för motsvarande utbildning vid Umeå universitet. Ansökan om tillgodoräknande skickas in till Studentcentrum. Mer information om tillgodoräknande finns på Umeå universitets studentwebb och i högskoleförordningen (6 kap).

Övergångsbestämmelser

I det fall att kursplan upphör att gälla eller genomgår större förändringar, garanteras studenter minst tre provtillfällen (inklusive ordinarie provtillfälle) enligt föreskrifterna i den kursplan som studenten ursprungligen varit kursregistrerad på under en tid av maximalt två år från det att tidigare kursplan upphört att gälla eller kursen slutat erbjudas.