Molekylär epidemiologi, 7,5 hp

Innehåll

Molekylärepidemiologiska studier och utvärdering av dessa blir allt viktigare inom både akademi och industri. Molekylär epidemiologi är till exempel ett viktigt verktyg i utvecklingen av att anpassa sjukvården till den enskilda individen. Med utgångspunkt i olika biologiska mätverktyg och epidemiologiska studiedesigner beskriver den här kursen hur molekylära och epidemiologiska metoder kan användas för att förstå biologiska processer som ligger bakom uppkomsten av sjukdomar. Kursen beskriver också hur molekylär epidemiologi kan användas för att upptäcka nya biomarkörer och göra en uppföljning av dessa. Olika “omics”-teknologier (genetik, epigenetik, protemik och metabolomik) samt statistisk analys täcks grundligt av kursen.
 
Kursen belyser för- och nackdelar med olika upplägg av epidemiologiska studier, inklusive observations-, kohort-, fallkontroll, och familjebaserade studier. Kursen ger även basala kunskaper i den typ av statistiska beräkningar och analytiska metoder som används i molekylär-epidemiologiska studier, inklusive hypotes-testning (t.ex. t-test, multivariatregression) och modeller för att utvärdera risk.
 
Diskussion i grupp kommer att ske kring vetenskapliga artiklar där molekylär epidemiologi har använts för att besvara frågeställningen, och även hur dagspress rapporterar dessa resultat. I kursen ingår även flera praktiska moment. En gruppdiskussion kring etiska frågeställningar kring användandet av biologiska prover och känslig data från individer kommer också att hållas.  

Förväntade studieresultat

• Visa kunskap om hur man designar molekylärepidemiologiska studier och vilka frågeställningar som kan besvaras med dessa. Detta inkluderar kunskap om styrkor och tillkortakommanden hos respektive metod som måste tas i beaktning i både design och tolkning av resultat från molekylärepidemiologisk forskning.
• Kunna beskriva betydelsen av statistisk styrka för en studie och diskutera hur detta relaterar till behovet av uppföljningsstudier.
• Kunna beskriva och utvärdera metoder för att undersöka kausala samband.
• Kunna beskriva och diskutera egenskaperna hos en bra biomarkör och beskriva skillnaden mellan en biomarkör för exponering och för sjukdom.
• Visa förmågan att analysera en markörs sensitivitet och specificitet och utvärdera hur dessa kan vägas mot varandra.
• Visa förmågan att designa och analysera en genome-wide association study (GWAS) på en grundläggande nivå.
• Kunna beskriva hur olika “omics”-teknologier (genetik, epigenetik, proteomik och metabolomik) kan användas som molekylära verktyg.
• Visa grundläggande kunskaper om vilka typer av frågeställningar som bäst besvaras med interaktionsstudier som fokuserar på arv och miljö (s.k. gene x environment interaction studies), och vilken typ av data som behövs för denna typ av studie.
• Visa förmågan att använda bioinformatiska verktyg som finns online.
• Visa förmågan att kritiskt diskutera etiska aspekter av användningen av stora mängder biologiska data insamlat från individer, samt hur avvägning görs mellan att dela data med andra forskningsgrupper och skydda individers integritet.

Behörighetskrav

90 hp från avslutade kurser varav minst 30 hp biologi (inklusive cell- och molekylärbiologi) och 15 hp genetik; engelska B/6 från gymnasieskolan eller motsvarande.

Undervisningens upplägg

Kursen ges på engelska. Lärarledd undervisning samt självstudier kombineras med seminarier, data-övningar och grupparbete (obligatoriskt).

Examination

Examination baseras på 1) grupparbete och 2) skriftlig tentamen (salstentamen).
I grupparbetet arbetar 2-3 studenter tillsammans på ett artificiellt dataset. De presenterar sedan en gemensam skriftlig rapport och har en muntlig presentation
Den skriftliga tentamen består av teoretiska frågor och problem som fokuserar på studiedesign, en metod, eller en specifik frågeställning inom forskning.
Både grupparbetet och den skriftliga tentamen måste vara godkända för att få godkänt (G) på kursen. För att få väl godkänt (VG) måste tentamen vara godkänd med betyget VG. Student som underkänns på kursen har rätt att göra om del 1) och/eller del 2) av examinationen. En ny examination kommer att hållas inom 2 månader från kursens avslut (med undantag för om ordinarie provtillfälle är i maj/juni, då ny examination ges inom 3 månader). Begäran om ny examinator ställs av studenten till prefekten för Institutionen för strålningsvetenskap.