Beräkning för datadriven biologi, 7,5 hp

Innehåll

Kursen ger en introduktion till arbete på kommandoraden och i Linux, med fokus på filsystem, centrala kommandoradsverktyg och filformat som används inom bioinformatik. Studenten får en översikt av viktiga biologiska databaser och praktiska strategier för att hämta, analysera och bearbeta data. Kursen tar även upp grunderna i reproducerbar och FAIR bioinformatik, inklusive versionshantering, miljö‑ och containertekniker samt uppbyggnad av arbetsflöden och pipelines i HPC‑miljöer.

Förväntade studieresultat

Kunskap och förståelse:
Studenten ska kunna

1. Förstå grundläggande koncept för att arbeta på kommandoraden och vara bekant med vanliga kommandoradsverktyg
2. Förstå filsystemstrukturer och hantering
3. Redogöra för principer för reproducerbar och FAIR bioinformatik.
4. Beskriva vanliga bioinformatiska filformat och deras användningsområden.
5. Identifiera centrala biologiska databaser och hur de frågas ut.
6. Redogöra för grundläggande komponenter i pipelines och HPC-miljöer.

Färdigheter och förmåga:
Studenten ska kunna

7. Välja och tillämpa lämpliga kommandoradsverktyg för att extrahera information och utföra rutinprocedurer för vanliga filformat som används inom bioinformatik
8. Köra vanliga filsystemadministrationsuppgifter
9. Utföra rutinmässiga filparsningar och QC i Linux.
10. Köra och övervaka jobb på HPC med schemaläggare.
11. Bygga ett reproducerbart arbetsflöde med miljöhantering eller containers.
12. Använda Git för versionshantering av kod.

Värderingsförmåga och förhållningssätt:
Studenten ska kunna

13. Utvärdera reproducerbarhet och datastyrning i storskaliga analyser.

Behörighetskrav

Grundläggande behörighet och Biologi 2/nivå 2, Kemi 1/nivå 1, Matematik 3c eller Matematik fortsättning nivå 1c eller Matematik D

Undervisningens upplägg

Undervisningen består av föreläsningar, handledda övningar och datorlaborationer. Föreläsningarna introducerar teoretiska grunder inom kommandoradsverktyg, filformat, databaser, arbetsflöden, versionshantering och HPC‑miljöer. Genom praktiska moment tillämpar studenten dessa kunskaper i övningar med relevans för bioinformatikens arbetsmetoder.

Undervisningen sker normalt på engelska, men kan genomföras på svenska om det inte finns behov av engelska. För att delta i kursen behöver varje student ha tillgång till en egen dator med internetuppkoppling, och möjlighet att själv installera nödvändig programvara.

Examination

Följande examinationer sker och bedöms med betygen U, G eller VG:
1. Individuella praktiska uppgifter som examinerar FSR 7–12.
2. Grupp kodgranskning som examinerar FSR 13.
3. Individuella skriftlig essä om FAIR/reproducerbarhet som examinerar FSR 1–6.

På hela kursen ges något av betygen U (Underkänd), G (Godkänd) eller VG (Väl Godkänd).
För betyget G på kursen krävs godkänt resultat (G) på samtliga examinationer. För betyget VG krävs att alla examinationer är godkända och med minst två examinationer med väl godkänt resultat (VG).

Studerande som ej blivit godkänd vid ordinarie tillfälle har rätt till förnyat prov, ett s.k. omprov. Det första omprovet ska erbjudas senast två månader efter det ordinarie provet, dock tidigast tio arbetsdagar efter det att resultatet av det ordinarie provet har meddelats. För prov som genomförs under maj och juni månad får första omprovet erbjudas inom tre månader efter ordinarie provtillfälle. Minst ett andra omprov (ett s.k. uppsamlingsprov) ska erbjudas inom ett år efter det ordinarie tillfället.

Den som godkänts i prov får ej undergå förnyat prov för högre betyg.

En student som utan godkänt resultat har genomgått två prov för en kurs eller en del av en kurs, har rätt att få en annan examinator utsedd, om inte särskilda skäl talar emot det (HF 6 kap. 22 §). Begäran om ny examinator ställs till prefekten vid Fysiologisk botanik.

Examinator kan besluta om avsteg från kursplanens examinationsform. Individuell anpassning av examinationsformen ska övervägas utifrån studentens behov. Examinationsformen anpassas inom ramen för kursplanens förväntade studieresultat. Student som har behov av en anpassad examination, och som har erhållit ett beslut om rätt till stöd från samordnare för studenter med funktionsnedsättning vid Studentcentrum, ska senast 10 arbetsdagar innan examinationen begära anpassning hos kursansvarig institution. Examinator beslutar om anpassad examination som sedan meddelas studenten.

Övergångsbestämmelser

I det fall att kursplan upphör att gälla eller genomgår större förändringar, garanteras studenter minst tre provtillfällen (inklusive ordinarie provtillfälle) enligt föreskrifterna i den kursplan som studenten ursprungligen varit kursregistrerad på under en tid av maximalt två år från det att tidigare kursplan upphört att gälla eller att kursen slutat ges.