Statistik och datavetenskap för biologer, 7,5 hp

Innehåll

Ny teknik gör det enkelt och billigt att generera stora och komplexa datamängder, men data är inte information. För att extrahera information från kan vi använda os av statistisk och andra beräkningsmetoder. Många statistiska tekniker och algoritmer är idag fritt tillgängliga och lättåtkomliga, till exempel via programmeringsspråket R.
Kursen består av två moment: ett teoretiskt moment och ett laborationsmoment.

Teorimodul (6 hp)

Modulen ger en grundläggande förståelse för flera centrala statistiska begrepp och metoder, diskuterar metodernas styrkor och begränsningar, och lär studenterna hur man tillämpar metoderna i R. Modulen behandlar:
• Formulering av statistiska hypoteser och principer för grundläggande försöksplanering
• Beskrivande statistik, inklusive punktskattningaroch metoder för att sammanfatta data
• Parametriska och icke-parametriska metoder för konfidensintervall och hypotesprövning. parametriska tester (till exempel t test, Wilcoxon, Mann–Whitney, ANOVA, Kruskal–Wallis, Chi två test, proportionstester, bootstrapmetoder)
• Typ I-fel, typ II-fel, test styrka, p-värden och statistisk signifikans. fel, typ II fel, styrka, p värden och signifikans
• Korrelations- och regressionsanalys, inklusive kriterier för modellutvärdering. R²)

Laborationsmodul (1,5 hp)

Denna modul introducerar programvaran R och fokuserar på att tillämpa statistiska metoder från det teorimodulen för att lösa verkliga problem.

Förväntade studieresultat

Kunskap och förståelse

Studenten ska kunna:
1. Förklara relationer mellan hypoteser, punktskattningar, konfidensintervall och statistiska test
2. Beskriva grunderna för de statistiska tester som behandlas
3. Förklara hur stickprovsstorlek, effektstorlek, variation, typ I fel, typ II fel, styrka och p värden hänger samman
4. Redogöra för principer för korrelationsanalys och multipel linjär regression

Färdighet och förmåga

Studenten ska kunna:
5. Analysera data med beskrivande statistik i R
6. Skatta populationsparametrar i R
7. Konstruera och tolka konfidensintervall för medelvärden, proportioner och deras skillnader
8. Genomföra statistiska tester i R och bedöma hypoteser
9. Utföra korrelationsanalys (parametrisk och icke parametrisk)
10. Utföra multipel linjär regressionsanalys samt tolka modeller

Värderingsförmåga och förhållningssätt:
11. Bedöma tillämpbarhet och begränsningar hos olika statistiska metoder och välja lämplig metod för olika analytiska situationer

Behörighetskrav

Grundläggande behörighet och Biologi 2/nivå 2, Kemi 1/nivå 1, Matematik 3c eller Matematik fortsättning nivå 1c eller Matematik D

Undervisningens upplägg

Undervisningen ges främst i form av föreläsningar och handledda datorlaborationer. Kurslitteratur anges i Ladok.

Examination

Teorimodulen examineras genom en skriftlig individuell tentamen. Labbmodulen examineras genom skriftliga labbrapporter och muntliga presentationer. Den skriftliga tentamen examinerar lärandemål inom Kunskap och förståelse samt delar av Färdighet och förmåga. Laborationsrapporter och muntliga presentationer examinerar lärandemål inom Färdighet och förmåga samt Värderingsförmåga och förhållningssätt.
För den skriftliga tentamen ges ett av följande betyg: Underkänd (U), Godkänd (G), Med beröm godkänd (VG). Laborationsrapporter och muntlig presentation bedöms med betygen U eller G.

På hela kursen ges något av betygen U (Underkänd), G (Godkänd) eller VG (Väl Godkänd).
För betyget G på kursen krävs godkänt resultat (G) på samtliga examinationer. För betyget VG krävs att alla examinationer är godkända och att den skriftliga individuella tentamen bedömts med betyget väl godkänt resultat (VG).

Studerande som ej blivit godkänd vid ordinarie tillfälle har rätt till förnyat prov, ett s.k. omprov. Det första omprovet ska erbjudas senast två månader efter det ordinarie provet, dock tidigast tio arbetsdagar efter att resultatet meddelats. För prov under maj och juni får första omprovet erbjudas inom tre månader. Minst ett andra omprov (uppsamlingsprov) ska erbjudas inom ett år.
Den som godkänts i prov får ej genomgå förnyat prov för högre betyg. En student som utan godkänt resultat genomgått två prov för en kurs har rätt att få en annan examinator utsedd, om inte särskilda skäl talar emot det (HF 6 kap. 22 §). Begäran ställs till prefekten vid Institutionen för fysiologisk botanik.
Examinator kan besluta om avsteg från kursplanens examinationsform. Individuell anpassning av examinationsformen ska övervägas utifrån studentens behov. Examinationsformen anpassas inom ramen för kursplanens förväntade studieresultat. Student som har behov av en anpassad examination ska senast 10 dagar innan examinationen begära anpassning hos kursansvarig institution. Examinator beslutar om anpassad examination som sedan meddelas studenten.

Övergångsbestämmelser

I det fall att kursplan upphör att gälla eller genomgår större förändringar garanteras studenter minst tre provtillfällen (inklusive ordinarie provtillfälle) enligt den kursplan som studenten ursprungligen var registrerad på under en tid av maximalt två år efter att kursplanen upphört att gälla.