Bioinformatik och genomanalys 7,5 hp

Om kursen

Kursen omfattar teori och praktiska laborationsmoment.

Moment 1, teori, 5.0 hp

Kursen kombinerar biologiska, matematiska och programmerings färdigheter för att ge kunskap om de vanligaste bioinformatiska verktygen samt förståelse för användning av biologiska databaser. Eftersom de moderna bioinformatiska metoderna genererar nya kunskaper som kan ge upphov till etiska problemställningar diskuteras dessa under kursen.

Den inledande delen av kursen ägnas åt introduktion till olika offentliga databaser, databasorganisation, sekvenshämtning och hantering t.ex. jämförelser av proteinsekvenser för att hitta likheter till homologa proteiner i olika organismer. Denna del omfattar även s.k. High Throughput Sekvenserings teknologier, genmappningsprojekt och fylogenetisk rekonstruktion.

Därpå följer en introduktion till hantering och integrering av biologisk information såsom genregleringsanalyser och nätverksanalys som är viktiga verktyg för att förstå förändringar i genuttryck i en systembiologiskt ansats.

Vidare analyseras peptidsekvenser med hjälp av kemometri- och multivariatmetoder för att ge förståelse av komplexa, strukturella egenskaper hos biologiska molekyler.

Därefter undersöks proteinsekvenser med hänsyn till funktionella och 3D strukturella motiv och hur mutationer påverkar proteiners stabilitet och funktion för att fördjupa förståelse av komplexa, strukturella egenskaper hos biologiska makromolekyler som sedan kan appliceras vid datorbaserad design av läkemedel. Slutligen fördjupas teori och metoder för att skapa tredimensionella proteinstrukturer genom s.k. homologimodellering, vilket är ett viktigt komplement till experimentella metoder.

Delmoment 2, laborationer 2.5 hp

Kursen ger träning i bioinformatik och genomanalyser arbetsmetoder.