Dynamisk modellering av levande system 7,5 hp

Om kursen

Kursen börjar med att lyfta fram vad som skiljer modellering av levande system och icke-levande system. En av de viktigaste aspekterna är att levande system är en produkt av evolution och att de kännetecknas av ett konstant in- och utflöde av energi. Levande system är alltså aldrig i termodynamisk jämvikt. Kursen kan härifrån delas in i tre delar. I den första delen utgår vi från E. coli-bakterien som modellsystem där vi diskuterar och modellerar grundläggande genetiska processer (bl.a. genreglering och transkription). I del två behandlar vi slumpmässighet från termiska fluktuationer och hur man introducerar och simulerar detta i modeller. I den sista delen behandlar vi biologiska nätverk, specifikt hur dessa kan analyseras, vilka återkommande nätverksmotiv de är uppbyggda av och hur information sprids i dem. Kursen innehåller en genomgång av modeller och metoder, såsom stokastiska simuleringar, för att kunna analysera exempelvis biologiska nätverk, epigenetiska mekanismer och feedbacksystem i genreglering. Förutom att ge en djupare förståelse för dessa problem kommer modellerna att hjälpa dig att utveckla nya modeller vid andra problem. Kursen omfattar ett teorimoment om 6 hp och ett datorlaborationsmoment om 1,5 hp.

Kursen är främst avsedd för studenter inom utbildningar i fysik eller biovetenskap som vill förstå levande system genom modeller och simuleringar. Om du är fysikstudent har du kunskaper och färdigheter för att lösa problem i statistisk mekanik, fasta tillståndets fysik, elektromagnetism och så vidare. Om du är student inom biovetenskap har du kunskaper och färdigheter för att lösa problem inom biologi, bioteknik eller medicin. Om du kombinerar dina kunskaper och färdigheter med modellerings- och simuleringskunskaper har du en unik kompetens för att kunna lösa problem på nya sätt. Eftersom den här kursen riktar sig till studenter med olika bakgrund kommer den dessutom att bidra till att underlätta tvärvetenskaplig kommunikation mellan studenter från olika områden inom naturvetenskap.