Kursen utgår ifrån den teoretiska kursen Funktionsgenomik teori, 7.5hp (5BI056). Kursen syftar till att ge en introduktion till tillämpning av moderna tekniker för funktionell genomanalys. Kursen är projektbaserad och studenterna får praktiskt lära sig att ställa upp ett försök för storskalig genomanalys
Förväntade studieresultat
Efter avklarad kurs skall studenterna kunna
- förstå och beskriva koncepten Genomik, Proteomik, Metabolomik
- beskriva olika strategier för storskalig sekvensering, genom sekvensering, fördelar och nackdelar med dessa.
- beskriva generella principer för Differentiell Gen Expression analys (DGE, transkriptom analys), och kriterier för dessa.
- beskriva principen för tillverkning av spotted microarrays (Stanford technique), hur dessa används, vilken typ av data som skapas och hur denna kan analyseras.
- beskriva principen för tillverkning av oligobaserade microarrays (Affymetrix technique etc.), hur dessa används, vilken typ av data som skapas och hur denna kan analyseras.
- beskriva tekniker som används för Proteomik studier, provberedning, separation och analys instrument. Samt förstå hur man kan studera post-translationell modifiering genom användning av Proteomik verktyg. Samt hur man kan använda erhållna data för att söka i databaser och på så sätt identifiera proteiner.
- beskriva tekniker som används för Metabolomik studier.. Hur data kan analyseras, och t.ex. hur fenotypiska metabolom profiler kan skapas.
- beskriva svårigheterna med och lösningar till visualisering av hög-densitets data.
- beskriva hur man kan jobba med ett modell system för att klargöra specifika geners eller proteiners funktion i organismen.
Behörighetskrav
Univ: Funktionsgenomik T, eller motsvarande.
Undervisningens upplägg
Under kursen tillämpas tekniker för genomik, proteomik och metabolomik.
Det praktiska arbetet utförs i grupper om 2-3 studenter som arbetar med en specifik problemställning hos en aktiv forskare ute på en institution. Handledaren ger stöd vid arbetets planering och genomförande. Arbetet sammanställs i en vetenskaplig rapport på engelska, samt redovisas muntligt. Vid muntliga presentationen tillämpas opponeringsförfarande.
Examination
Kursen examineras med skriftlig rapportskrivning samt obligatorisk muntlig presentation. Betyg som ges är Underkänd (U), Godkänd(G). Studerande som underkänts, har rätt att undergå förnyat prov för att få godkänt betyg. Vidare har studerande, som två gånger underkänts i prov för viss kurs eller del av kurs, rätt att hos prefekten för Institutionen för Fysiologisk Botanik begära att annan lärare utses för att bestämma betyget vid förnyat prov. Den som godkänts i ett prov får inte genomgå förnyat prov för högre betyg.
Litteratur
Litteraturlistan är inte tillgänglig via den webbaserade utbildningskatalogen.
Kontakta aktuell institution.
