Centret invigdes 2008 och skapades för att ytterligare stärka Umeås ledande roll i Sverige för kunskapsutveckling inom området.
Idén till Europeiska CBRNE-center föddes av Åke Sellström, dåvarande chef för avdelningen CBRN-skydd och säkerhet vid FOI i Umeå. Sellström blev också den som byggde upp centret och även den första föreståndaren. 2008 tog Dzenan Sahovic över föreståndarrollen, han efterträddes 2015 av Per-Erik Johansson.
I början stod centret under Enheten för näringsliv och samhälle, ENS, vid universitetets humanistiska fakultet. I december 2008 fick centret sin befintliga struktur som enhet under den kemiska institutionen inom Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten. Samtidigt flyttade centret in i lokalerna på sjunde våningen i KBC-huset.
Det Europeiska CBRNE-centret arbetar inom vissa projekt tillsammans med Enheten för kirurgi/Kunskapscentrum för katastrofmedicin (KcKM). De båda centrumen delar även lokaler. Samlokaliseringen medför möjligheter till tätare samarbete mellan enheterna och även möjlighet att dra nytta av varandras kunskap och kompetens.
