Jag studerar mikrobiell anpassning med hjälp av grafteori och AI – från algoritmutveckling till identifiering av antibiotikamål.
Som forskare är jag intresserad av att förstå hur den mikrobiella världen har anpassat sig till att finnas (nästan) överallt. För att göra detta studerar jag mikrobiell evolutionsdynamik och miljöanpassning med hjälp av beräkningsmetoder baserade på grafteori och artificiell intelligens. Min tidigare forskning fokuserade på metodutveckling för pangenomiska analyser och jämförelser, vilket ledde till utvecklingen av grafbaserade algoritmer och ett bioinformatiskt program: PANORAMA.
Min nuvarande forskning syftar till att identifiera nya potentiella antibiotikamål i takt med att multiresistenta arter blir ett globalt folkhälsoproblem. Utmaningen ligger i att identifiera vilka patogenproteiner som är essentiella under infektion, eftersom dessa inte kan kvantifieras med dagens metoder. För att kringgå denna begränsning utvecklar vi AI-modeller som förutspår proteinnivåer i infekterade vävnader baserat på enkelcells-RNA-sekvenser från in vivo-data på bakteriella patogener. Detta angreppssätt öppnar för nya potentiella antibiotikamål som idag är otillgängliga med befintliga metoder.
På fritiden tycker jag om att promenera i naturen, och när vädret inte samarbetar hittar jag lugn i datorspel eller i att läsa fantasyböcker. Varning: jag fortsätter gärna att prata tills någon fysiskt stoppar mig – eller tills jag svimmar av utmattning, beroende på vad som händer först.