Information till medarbetare med anledning av covid-19 (Uppdaterad: 29 oktober 2020)

Hoppa direkt till innehållet
printicon
Kursplan:

Funktionsgenomik teori, 7,5 hp

Engelskt namn: Functional Genomics Theory

Denna kursplan gäller: 2011-09-05 och tillsvidare

Kurskod: 5BI067

Högskolepoäng: 7,5

Utbildningsnivå: Avancerad nivå

Huvudområden och successiv fördjupning: Molekylärbiologi: Avancerad nivå, har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav

Betygsskala: För denna kurs ges betygen VG Väl godkänd, G Godkänd, U Underkänd

Ansvarig institution: Institutionen för fysiologisk botanik

Beslutad av: teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden, 2009-04-29

Reviderad av: teknisk naturvetenskaplig fakultet, 2011-06-28

Innehåll

Kursen syftar till att ge en stark teoretisk bas i tekniker för funktionell genomanalys, en storskalig analys av olika genprodukters funktion i en organism. Genom studierna kommer studenterna att få insikt i den nya information som kommer att kunna genereras genom helgenom-/proteom-/metabolomanalys.

Förväntade studieresultat

Efter avklarad kurs skall studenterna kunna: - förstå och beskriva koncepten Genomik, Proteomik, Metabolomik - beskriva olika strategier för storskalig sekvensering, genom sekvensering, fördelar och nackdelar med dessa. - beskriva generella principer för Differentiell Gen Expression analys (DGE, transkriptom analys), och kriterier för dessa. - beskriva principen för tillverkning av ”spotted microarrays” (Stanford technique), hur dessa används, vilken typ av data som skapas och hur denna kan analyseras. - beskriva principen för tillverkning av oligobaserade ”microarrays” (Affymetrix technique etc.), hur dessa används, vilken typ av data som skapas och hur denna kan analyseras. - beskriva tekniker som används för Proteomik studier, provberedning, separation och analys instrument. Samt förstå hur man kan studera post-translationell modifiering genom användning av Proteomik verktyg. Samt hur man kan använda erhållna data för att söka i databaser och på så sätt identifiera proteiner. - beskriva tekniker som används för Metabolomik studier.. Hur data kan analyseras, och t.ex. hur fenotypiska metabolom profiler kan skapas. - beskriva svårigheterna med och lösningar till visualisering av hög-densitets data. - beskriva hur man kan jobba med ett modell system för att klargöra specifika geners eller proteiners funktion i organismen.

Behörighetskrav

Univ: Genetik, 15 hp, Molekylär genetik, 15 hp, Immunologi, 15 hp, eller Växters cell- och molekylärbiologi, 15 hp, eller motsvarande. En A och svenska för grundläggande behörighet för högskolestudier.

Undervisningens upplägg

Under kursen behandlas begreppen genomik, proteomik och metabolomik. Vidare kommer robotisering och miniatyrisering att tas upp. Kursen kommer även att belysa lösningar för visualisering av högdensitetsdata. Undervisningen omfattar föreläsningar, demonstrationer, gruppdiskussioner, litteraturdiskussioner, egen presentation av vald vetenskaplig artikel.

Examination

Den teoretiska kursdelen avslutas med skriftlig examen. För godkänt betyg på kursen krävs även att man deltagit i gruppdiskussioner, demonstrationer, egen artikelpresentation, samt att inlämnade skriftliga diskussionsprotokoll godkänts. Betyg som ges är Underkänd(U), Godkänd(G) och Väl Godkänd(VG). Studerande som underkänts, har rätt att undergå förnyat prov för att få godkänt betyg. Vidare har studerande, som två gånger underkänts i prov för viss kurs eller del av kurs, rätt att hos prefekten för Institutionen för Fysiologisk Botanik begära att annan lärare utses för att bestämma betyget vid förnyat prov. Den som godkänts i ett prov får inte genomgå förnyat prov för högre betyg.

Litteratur

Litteraturlistan är inte tillgänglig via den webbaserade utbildningskatalogen. Kontakta aktuell institution.