Kursen ger en introduktion till olika datorbaserade metoder som används inom livsvetenskaperna. Områden som behandlas är a) "klassisk" bioinformatik, b) sannolikhetslära, hypotestestning, regression c) kemometri/multivariat statistik, experimentplanering, modellutvärdering d) dimensionsreducering, projektion och klassificering och e) algoritmdesign och analys av tids/ minnes-komplexitet.
Kursen indelas i följande moment:
Moment 1. Statistik för livsvetenskap 3 hp. Detta moment behandlar sannolikhetslära, hypotestestning och regression
Moment 2. Bioinformatik 4 hp. Detta moment behandlar klassisk bioinformatik såsom sekvensanalys, fylogenetiska träd, maskin-inlärning och omics analys, men även programmering, algoritmdesign och analys av tids/minnes-komplexitet
Moment 3. Kemometri 4 hp. Detta moment behandlar multivariat statistik, experimentplanering, modellutvärdering, dimensionsreducering, projektion och klassificering.
Moment 4. Projekt 4 hp. Under detta moment görs en praktisk fördjupning inom en bioinformatisk frågeställning som anknyter till kursens innehåll.
Förväntade studieresultat
Efter genomgången kurs skall den studerande kunna - Utföra hypotestestning och basal statistisk analys, samt att tolka resultaten på ett korrekt sätt - Utföra klassificering och regression på data och utvärdera resulterande modeller - Planera ett biologiskt experiment där resultatet beror av många variabler - Beskriva tekniker för algoritmdesign, och analysera deras tids/ minnes-komplexitet - Använda klassiska bioinformatisk verktyg i lämpliga situationer och korrekt tolka resultaten, samt att förstå hur verktygen fungerar. - Använda en kombination av de datorbaserade tekniker som behandlats för att analysera ett "äkta" dataset från biologi/livsvetenskaper, samt diskutera fördelar och nackdelar med de olika analysmetoderna
Behörighetskrav
För tillträde krävs kandidatexamen i biologi, molekylärbiologi, kemi eller motsvarande. En A och svenska för grundläggande behörighet för högskolestudier om utbildningen ges på svenska.
Undervisningens upplägg
Undervisningen bedrivs i form av föreläsningar, skriv- och dataövningar samt ett projekt, som utförs i grupper om 2-3 personer och som redovisas muntligen och i en skriftlig rapport.
Examination
Kursen examineras med skriftlig examen (moment 1, 2 och 3) samt skriftlig projektpresentation (moment 4). För godkänt betyg på kursen krävs även att man fullföljt datorövningarna och fått dessa godkända. Betyg som ges är Underkänd (U), Godkänd (G) eller Väl godkänd (VG) eller U, 3, 4 eller 5. Studerande som underkänts, har rätt att undergå förnyat prov för att få godkänt betyg. Vidare har studerande, som två gånger underkänts i prov för viss kurs eller del av kurs, rätt att hos prefekten för Institutionen för Fysiologisk Botanik begära att annan lärare utses för att bestämma betyget vid förnyat prov. Den som godkänts i ett prov får inte genomgå förnyat prov för högre betyg.
Litteratur
Litteraturlistan är inte tillgänglig via den webbaserade utbildningskatalogen.
Kontakta aktuell institution.
