Kursen behandlar datorbaserade beräkningar inom kemi. Kursen integrerar teori med praktiska beräkningsmoment tillämpade inom områdena miljökemi, proteinkemi och läkemedelskemi. Studenterna ges kunskap inom kvantkemi, molekylmekanik, bioinformatik, samt teoretisk karakterisering av molekyler. Kursen behandlar tillämpade metoder för beräkning av geometrisk och elektronisk struktur hos föreningar. Den innehåller både teori och praktisk tillämpning av väsentliga begrepp inom kvantkemi och molekylmekanik. Centrala koncept för datorbaserad tillämpning på organiska molekyler inom kvantkemin kommer att beskrivas och diskuteras. Focus inom molekylmekaniken ligger på beskrivning av och diskussion kring praktisk tillämpning på organiska molekyler inklusive proteiner. Bioinformatikdelen på kursen behandlar uppbyggnad och användning av databaser med biologisk information, proteinsekvensjämförelser och 3D strukturjämförelser. Teorin bakom metoder, praktiskt utförande och bedömning av kvaliteten av sekvensjämförelse behandlas och diskuteras. Den teoretiska karakteriseringen av molekyler sammanlänkar samtliga avsnitt på kursen, dvs kvantkemi, molekylmekanik och bioinformatik.
Förväntade studieresultat
Efter avslutad kurs ska studenten kunna:
Kvantkemi och molekylmekanik - redogöra för de viktigaste principerna hos kvantkemiska och molekylmekaniska metoder för att beräkna energi och geometri hos molekyler. - planera och utföra datorbaserade beräkningar för att bestämma geometriska strukturer, energier och elektroniska egenskaper hos molekyler
Bioinformatik och molekylära deskriptorer - redogöra för teorin bakom metoder för proteinsekvensjämförelser och 3D strukturjämförelser. - planera och utföra sekvenssökningar och 3D strukturjämförelser, samt värdera dess kvalité. - redogöra för teoretiska metoder samt planera och utföra datorbaserade beräkningar av (molekylära) kemiska egenskaper (tex, storlek, hydrofobicitet, dipolmoment) hos molekyler.
Allmänt - kritiskt granska och diskutera resultat från datorbaserad beräkningskemi. - presentera vetenskapligt arbete i seminarie- och uppsatsform.
Behörighetskrav
För tillträde till kursen krävs godkänd kurs i kemometri (5KE053, 7.5 hp), eller motsvarande. Engelska A och svenska för grundläggande behörighet för högskolestudier om utbildningen ges på svenska.
Undervisningens upplägg
Undervisningen bedrivs i form av föreläsningar, övningar och forskningsrelaterade workshops. Övningar och workshops är obligatoriska moment i kursen.
Examination
De teoretiska koncepten av beräkningskemi kommer att examineras via obligatoriska prov där godkänt krävs för att bli godkänd på kursen. Workshops kommer att examineras via muntlig och skriftlig redovisning. Betyg på kursen sätts först när prov, övningar samt workshops är godkända, och samtliga moment ligger till grund för slutbetyg. Betygsskalan på kursen består av betygen (VG) Väl godkänd, (G) Godkänd och (U) Underkänd. En student som utan godkänt resultat har genomgått två prov för en kurs eller en del av en kurs, har rätt att få en annan examinator utsedd, om inte särskilda skäl talar emot det (HF 6 kap. 22 §). Begäran om ny examinator ställs till prefekten vid kemiska institutionen.
TILLGODORÄKNANDE: Tillgodoräknande av studier prövas individuellt (se universitetets regelsamling och tillgodoräknandeordning).
Litteratur
Litteraturlistan är inte tillgänglig via den webbaserade utbildningskatalogen.
Kontakta aktuell institution.
