Centret invigdes 2008 och skapades för att ytterligare stärka Umeås ledande roll i Sverige för kunskapsutveckling inom området.
Idén till Europeiska CBRNE-center föddes av Åke Sellström, dåvarande chef för avdelningen CBRN-skydd och säkerhet vid FOI i Umeå. Sellström blev också den som byggde upp centret och även den första föreståndaren.
I början stod centret under Enheten för näringsliv och samhälle, ENS, vid universitetets humanistiska fakultet. Så småningom flyttades centret till Teknisk-Naturvetenskapliga fakulteten, för att slutligen få sin nuvarande form under den Kemiska institutionen 2021.
Det Europeiska CBRNE-centret arbetar inom vissa projekt tillsammans med Enheten för kirurgi/Kunskapscentrum för katastrofmedicin (KcKM). De båda centrumen delar även lokaler. Samlokaliseringen medför möjligheter till tätare samarbete mellan enheterna och även möjlighet att dra nytta av varandras kunskap och kompetens.