Forskargruppen Dwibedi vid Institutionen för klinisk mikrobiologi och Laboratoriet för molekylär infektionsmedicin Sverige (MIMS; https://www.mims.umu.se/), Umeå universitet, söker en postdoktor (2 år) inom bioinformatik. Projektet syftar till att undersöka mikroorganism-mikroorganism och värd-mikroorganism-interaktioner i tidig ålder samt hos individer med typ 2-diabetes.
Forskningsområde
Forskargruppen strävar efter att kartlägga mikroorganism-mikroorganism och värd-mikroorganism-interaktioner inom longitudinella dataset från människans tarmmikrobiota.
Din roll
Du kommer att bedriva forskning i Chinmay Dwibedis laboratorium (www.dwibedilab.org) i nära samarbete med lokala och internationella experter. Du kommer särskilt att använda bioinformatiska och statistiska metoder för att analysera data från människans tarmmikrobiom i stora kohorter.
Ansvarsområden
- Analys av mikroorganism-mikroorganism och värd-mikroorganism-interaktioner i flera kohorter (n = 2500) - Utvärdera skillnader i fitness hos specifika stammar i olika populationer - Studera struktur och funktion hos mikrobiella gener över olika stammar - Delta i och bidra till vetenskapliga gruppmöten - Koordinera uppgifter med samarbetspartners - Bidra till publicering av forskningsresultat - Delta i utbildning och handledning av forskare och forskarstuderande - Följa universitetets policyer för lika möjligheter och dataskydd
Urvalskriterier
Obligatoriska krav:
- Doktorsexamen i beräkningsbiologi, bioinformatik eller datavetenskap med fokus på tarmmikrobiomdata - Utmärkta skriftliga och muntliga kunskaper i engelska - Betydande erfarenhet av att hantera stora metagenom-dataset (försteförfattarpublicering krävs) - Relevant erfarenhet av programmering i R och/eller Python (t.ex. utveckling av pipelines för metagenomanalys, skapande av metagenomassemblies) - Förmåga att arbeta både självständigt och i team - Förmåga att leverera resultat enligt krav och tidsplan - Förmåga att organisera och prioritera egna uppgifter med minimal handledning
Forskningsmiljö
Dwibedi-labbet är en del av SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS; https://www.scilifelab.se/data-driven/), ett 12-årigt initiativ för att rekrytera och utbilda nästa generation datadrivna livsvetare.
Du kommer att vara knuten till Institutionen för klinisk mikrobiologi vid Umeå universitet (https://www.umu.se/en/department-of-clinical-microbiology/) samt till det nationella DDLS-programmet, vilket ger tillgång till beräkningsresurser, forskarskola och andra utbildnings- och nätverksmöjligheter i Sverige.
Du kommer även att vara knuten till MIMS (https://www.mims.umu.se/), som är medlem i Nordic EMBL Partnership for Molecular Medicine. Det finns möjligheter till samarbete med experter i Europa och globalt. Lokalt är forskargruppen även knuten till Umeå centrum för mikrobiell forskning (UCMR; https://www.umu.se/ucmr/om-ucmr/), ett tvärvetenskapligt forskningscentrum med fokus på mikrobiell patogenes.
Sammanfattning av stipendiet
- Heltid, 2-årigt stipendium (skattefritt) - Start: Tidigt 2026
Kontaktperson
Chinmay Dwibedi Institutionen för klinisk mikrobiologi E-post: chinmay.dwibedi@umu.se
Ansökan
Ansökan ska innehålla:
1. Personligt brev med motivering och kvalifikationer 2. CV inklusive publikationslista 3. Kopia av doktorsexamensbevis och andra relevanta examensbevis 4. Kontaktuppgifter till två referenser
