Postdoktoralt stipendium (2 år) inom växtmolekylärbiologi 

Institutionen för fysiologisk botanik erbjuder ett postdoktoralt stipendium inom projektet Con-TEki, som undersöker rollen hos transposabla element (TEs) som drivkrafter för regulatorisk innovation i barrträd (gran och tall). Stipendiet avser heltidsstudier under två år med startdatum 1 augusti 2026 eller enligt överenskommelse. 

Institutionsspecifik information 

Institutionen för fysiologisk botanik vid Umeå universitet är en del av Umeå Plant Science Centre (UPSC; www.upsc.se), en internationellt ledande forskningsmiljö med cirka 200 forskare inom växtbiologi, inklusive molekylärbiologi, genomik och bioinformatik. UPSC erbjuder avancerad infrastruktur för sekvensering, encellsteknologier och experimentell växtforskning, samt en starkt samarbetsinriktad forskningsmiljö. 

För mer information om Nathaniel Streets forskargrupp, se https://www.umu.se/en/staff/nathaniel-street/ 

Projektbeskrivning 

Att etablera robusta encellsmetoder i tekniskt utmanande växtsystem representerar en central utmaning inom modern växtgenomik. Medan encells- och enkärnsekvensering har revolutionerat forskning i modellorganismer, har motsvarande metoder ännu inte etablerats för barrträd, främst på grund av svårigheter med vävnadsstruktur, kärnisolering och känslighet för inhibitorer. 

Detta projekt syftar till att utveckla och optimera experimentella arbetsflöden för enkärnebaserad sekvensering i gran och tall, inklusive isolering av högkvalitativa kärnor samt etablering av reproducerbara protokoll för bibliotekspreparering och sekvensering. 

Projektet bygger på en ny mikrofluidisk plattform tillgänglig genom samarbete med Johan Henrikssons forskargrupp (Institutionen för molekylärbiologi, Umeå Universitet), vilket ger en unik möjlighet att arbeta med en framväxande teknologi och anpassa den till växtsystem där standardlösningar inte fungerar. 

De data som genereras kommer att komplettera befintliga genomiska dataset och möjliggöra analys av genreglering på celltypsnivå. Projektet har ett särskilt fokus på att säkerställa hög datakvalitet och att utveckla robusta metoder som kan tillämpas i framtida studier av barrträd. 

Inom ramen för detta postdoktorsstipendium ges goda möjligheter att utveckla avancerad kompetens inom experimentell molekylärbiologi, metodoptimering och kvalitetssäkring av sekvenseringsdata i en tvärvetenskaplig kontext. Projektet är särskilt väl lämpat för kandidater med ett starkt intresse för utveckling och optimering av experimentella metoder. 

Postdoktorsstipendiaten ges möjlighet att: 

• Utveckla och optimera protokoll för isolering av cellkärnor från tekniskt svårbearbetade växtvävnader
• Etablera och förbättra bibliotekspreparering för enkärne-RNA-sekvensering och analys av kromatintillgänglighet
• Systematiskt utvärdera och förbättra datakvalitet, signal/brus-förhållanden och reproducerbarhet i experimentella arbetsflöden
• Identifera kritiska steg i arbetsflöden och implementera optimeringar för att maximera utbyte och kvalitet
• Få erfarenhet av tolkning av sekvenseringsdata och kvalitetskontroll i nära samarbete med bioinformatiker
• Aktivt delta i en tvärvetenskaplig miljö med nära samspel mellan experimentell och beräkningsmässig forskning

Kvalifikationer 

För att vara behörig för ett postdoktoralt stipendium ska personen ha avlagt doktorsexamen eller utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då beslut om stipendiatmottagare fattas. För att vara aktuell som postdoktorstipendiat bör i första hand den komma i fråga som avlagt examen högst tre år sedan från sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl kan den komma i fråga som avlagt doktorsexamen tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, tjänstgöring inom totalförsvaret, eller andra liknande omständigheter samt klinisk tjänstgöring eller för ämnesområdet relevant tjänstgöring/uppdrag.   

Doktorsexamen ska vara inom molekylärbiologi, genetik eller ett närliggande ämne. 

Ytterligare krav är  

• Dokumenterad, praktisk erfarenhet av molekylärbiologiska tekniker, särskilt arbete med nukleinsyror och bibliotekspreparering för sekvensering 
• Erfarenhet av att utveckla, anpassa eller optimera experimentella protokoll 
• Erfarenhet av högkapacitetssekvensering (t.ex. RNA-seq, ATAC-seq eller relaterade metoder) 
• Förmåga att kritiskt bedöma datakvalitet och identifiera källor till variation i experimentella data 
• God förmåga att dokumentera och reproducera experimentella arbetsflöden 
• Goda kunskaper i engelska, både i tal och skrift

Meriterande är  

• Erfarenhet av encells- eller enkärnebaserade metoder 
• Erfarenhet av arbete med växtmaterial, särskilt vedartade eller svårbearbetade vävnader 
• Erfarenhet av mikrofluidik eller avancerade biblioteksprepareringsmetoder 
• Erfarenhet av kvalitetskontroll och preliminär analys av sekvenseringsdata 

  Vi söker dig som  

• Kan utföra experiment med hög noggrannhet och kvalitet
• Har förmåga att självständigt identifiera och lösa tekniska problem i laboratoriet 
• Kan tillämpa ett systematiskt tillvägagångssätt för metodutveckling och optimering 
• Trivs i en miljö där experimentell utveckling står i centrum 

Ansökan  

Ansökan ska vara skriven på engelska eller svenska och bifogade dokument ska vara i Word eller pdf-format. Ansökan ska registreras via Umeå universitets e-rekryteringssystem Varbi och vara inkommen senast 3 juli, 2026. 

 En fullständig ansökan ska innehålla: 

• Personligt brev (max 2 sidor) där du beskriver dina erfarenheter av experimentell metodutveckling och hur dessa relaterar till projektet
• CV med publikationslista
• Verifierad kopia av doktorsexamensbevis eller dokumentation om förväntat examensdatum
• Kontaktuppgifter till 2–3 vidtalade referenser
• Eventuella övriga handlingar som den sökande vill åberopa 
   

Övrigt information 

För mer information, kontakta Professor Nathaniel Street, Umeå universitet, nathaniel.street@umu.se 

Välkommen med din ansökan!