NYHET Ett nytt verktyg för att analysera mikroRNA vid cancer i bukspottskörteln, är fokus i en ny avhandling. Målet är också att hitta markörer för att identifiera cancern innan den har gått för långt för att kunna behandlas.
Emmy Borgmästars, doktorand vid Institutionen för kirurgisk och perioperativ vetenskap.
BildMattias Pettersson– Vi behöver hitta nya sätt där vi kan upptäcka sjukdomen tidigare för att kunna erbjuda kirurgi till fler patienter och på det sättet öka överlevnaden. För detta ändamål letar vi tidiga biomarkörer, det vill säga mätbara indikationer, för bukspottkörtelcancer, säger Emmy Borgmästars, doktorand vid Institutionen för kirurgisk och perioperativ vetenskap.
I sin avhandling utvecklar Emmy Borgmästars ett nytt bioinformatiskt verktyg för funktionell analys av mikroRNA i bukspottkörtelcancer som hon och den forskargrupp hon ingår i har utvecklat. Dessutom identifierade forskarna fem metaboliter, två mikroRNA och två proteiner som de mest lovande biomarkörerna i bukspottkörtelcancer utifrån storskaliga data. Fem fettsyror korrelerade med överlevnad bland bukspottkörtelcancer-patienter.
Bukspottkörtelcancer är en mycket aggressiv cancertyp med en dålig prognos för överlevnad. Botande kirurgisk behandling kan inte erbjudas alla eftersom de flesta som upptäcks har en spridd sjukdom vid diagnos. Det finns olika typer av biomarkörer som kan studeras för detta ändamål. I avhandlingen fokuserar Emmy Borgmästars och forskargruppen på korta RNA-molekyler, mikroRNA, på metaboliter som frigörs vid ämnesomsättning samt på proteiner i blodet hos individer som senare insjuknat i bukspottkörtelcancer. Avhandlingen syftade till att identifiera potentiella biomarkörer för tidig detektion av bukspottkörtelcancer och bygga ett bioinformatiskt verktyg för data-baserad analys av mikroRNA.
Verktyget som Emmy med kollegor utvecklade finns fritt tillgängligt online (https://emmbor.shinyapps.io/mirfa/). Med hjälp av plasma-analyser och statistiska metoder identifierades fem metaboliter, två mikroRNA och två proteiner som mest informativa för framtida bukspottkörtelcancer-diagnos. Dessa lovande biomarkörkandidater för tidig detektion av bukspottkörtelcancer måste bekräftas i större studier för att öka provstorleken. Utöver dessa identifierade man också fem fettsyror som korrelerar med överlevnad för bukspottkörtelcancer-patienter. Detta fynd bör bekräftas hos patienter som provtagits vid diagnos.
Studierna bygger på plasmaprover från biobanken Northern Sweden Health and Disease Study, det vill säga blod som västerbottningar har lämnat samt fritt tillgängliga data från the Cancer Genome Atlas och the Cancer Proteome Atlas. Pre-diagnostiska plasmaprover från individer som senare utvecklar bukspottkörtelcancer och matchade friska kontroller togs ut från biobanken. Forskarna har analyserat en tidigare använd bukspottkörtelcancer-markör, TPS, tissue polypeptide-specific antigen, cirka 400 metaboliter, cirka 2000 mikroRNA och cirka 600 proteiner i plasmaprover insamlade upp till 19 år innan diagnos och jämfört mot friska individer som inte utvecklar bukspottkörtelcancer.
Emmy Borgmästars är uppväxt utanför Jakobstad i Finland. Hon har tidigare studerat molekylär medicin på Uppsala universitet samt bioinformatik på högskolan i Skövde. Hon har även arbetat på Livsmedelsverket med livsmedelsburna virus och bakterier.
Emmy Borgmästars, Institutionen för kirurgisk och perioperativ vetenskap, försvarar fredag 16 december kl. 13.00 sin avhandling På jakt efter tidiga biomarkörer i bukspottkörtelcancer med hjälp av multi-omik och bioinformatik. Opponent Stefan Enroth, Uppsala universitet. Huvudhandledare Malin Sund.
