NYHET
Andreas Sjödin har studerat tusentals aspgener för att få reda på vilka gener som är viktiga när aspblad bildas. De gener han undersökt kommer från träd som växt utomhus, något som gör det hela mer komplicerat. För att förenkla arbetet har han tillsammans med kollegor utvecklat en databas.
Varje dag funderar hundratals – kanske tusentals – forskare på hur träd i släktet Populus, dit aspen hör, fungerar. På så sätt hoppas de få information om hur detta ”favoritträd” växer, bildar ved blad och rötter, blommar och anpassar sig till olika förhållanden.
Generna styr det mesta av trädets egenskaper, i samverkan med miljön förstås på samma sätt som det är hos människan, och en stor del av denna påverkan har att göra med om genen är på- eller avslagen vid en viss tidpunkt eller i en viss typ av celler, något som kallas genreglering. Det effektivaste sättet att studera genreglering är att använda s k mikromatriser eller ”DNA microarrays”; ett verktyg som möjliggör studier av tusentals gener samtidigt.
I avhandlingen presenterar Andreas Sjödin en metod för att mäta, lagra och analysera mikromatrisdata från asp. Han har tagit fram ett antal verktyg för att effektivisera och standardisera analysen och har utvecklat en databas, UPSC-BASE, för att så smidigt som möjligt gå från rådata till biologiska slutsatser. Dessa verktyg har sedan använts för att studera genuttycket i aspblad, framför allt i träd som växt utomhus under naturliga förhållanden.
– En av de stora utmaningarna i analys av mikromatriser är att kunna särskilja bruset från värdefull biologisk information. Att studera träd som växer utomhus är extra komplicerat eftersom de påverkas av, och samverkar med, med omgivningen i mycket större utsträckning än vad som är fallet i växthusets kontrollerade miljö, berättar Andreas Sjödin.
Hans arbete visar att det är möjligt, med hjälp av avancerad statistik och god försöksplanering, att följa och jämföra genuttrycket i blad från aspar utomhus under flera år för att dra värdefulla slutsatser om geners reglering. I databasen finns nästan hundra olika experiment som innefattar alltifrån unga blad till ved, insektsangrepp, kyla och torka samt studier av genmodifierade växter. Informationen kan användas både för jämförande studier inom olika aspförsök, men också för att jämföra likheter och skillnader med andra växter.
För att illustrera möjligheterna, grupperades bladgener baserat på hur de uppträder över alla dessa experiment. Dessa grupperingar användes sedan för att definiera gener som är viktiga i bladutvecklingen. Sammanfattningsvis ger arbetet som presenteras i denna avhandling tillgång till verktyg och kunskap för storskaliga studier av genuttryck i asp vilket är intressant för både grundforskning och för skogsindustrin. Trots att detta är grundforskning kommer denna kunskap förhoppningsvis i förlängningen till ett effektivare skogsbruk med mer produktiva träd.
Fredagen den 30 november försvarar Andreas Sjödin, Umeå Plant Science Centre, Institutionen för fysiologisk botanik, Umeå universitet, sin avhandling med titeln Populus transcriptomics – from noise to biology. Svensk titel: Genuttryck i asp – från brus till biologi Disputationen äger rum kl 10.00 i Arbetslivsinstitutets hörsal, Umeå Universitet. Fakultetsopponent är Dr Jan Lohmann, Max Planck Institute for Developmental Biology Tübingen, Tyskland. Avhandlingen kommer att försvaras på engelska.
Andreas Sjödin kommer ursprungligen från Härnösand.
