Nya metoder ger kunskap om sjukdomar och läkemedel
NYHET
Lixiao Wang, Umeå universitet, har i sin avhandling tagit fram tre olika datorbaserade metoder. De ger bland annat kunskap om vilka proteinsekvenser som kan leda till sjukdom och underlättar proteindesign, något som förhoppningsvis kan leda till nya läkemedel.
Lixiao Wangs forskningsområde är bioinformatik. En av de stora utmaningarna inom bioinformatiken är att förutsäga hur de små maskinerna i vår kropp – proteinerna och enzymerna – ser ut och vilken funktion de har, genom att endast utgå från aminosyrasekvensen. Forskare vill på detta sätt med hög noggrannhet kunna bestämma olika delar i proteiner; vilka proteiner som har en stabilt veckad struktur, så kallade domäner, och vilka områden som är relativt flexibla, där aminosyrekedjan inte intar en stabil form, men är oordnat. Ett annat mål är ta reda på om proteinet blir mer eller mindre stabilt om man byter ut en av dess byggstenar mot en annan. Detta är viktigt för att förstår så kallade prionbaserade sjukdomar som den nya varianten av Creutzfeldt-Jakobs sjukdom – vCJD – som är besläktad med galna ko-sjukan. Sjukdomen påverkar unga människors hjärna och leder till en snabbt utvecklad demens och död. Läkemedelsindustrin har ett stort intresse att hitta nya läkemedel mot flexibla proteiner och att kunna göra läkemedelsproteiner med förbättrade egenskaper.
I sin avhandling har Lixiao Wang tagit fram tre olika datorbaserade metoder som gör det mycket enklare för proteinforskare och läkemedelsföretag att hitta s.k. ”hot spots” i proteinsekvenser, vilka kan leda till sjukdom. Dessutom gör metoden det enklare att hitta domäner och oordnade sekvensavsnitt och den underlättar också proteindesign, något som förhoppningsvis kan leda till nya läkemedel. Två av metoderna finns idag tillgängliga på internet FISH (Family Identification with Structure-anchored Hidden Markov models), och OnD-CRF (Order and Disorder prediction using Conditional Random Fields). Den tredje tjänsten ProSMS (Protein Stability due to MutationS) kommer snart att vara tillgänglig. Metoderna är anpassade för storskaliga och genomtäckande analyser.
Måndagen den 31 maj försvarar Lixiao Wang, kemiska institutionen, Umeå universitet, sin avhandling med titeln ”From protein sequence to structural instability and disease”, svensk titel ”Från proteiners sekvens till strukturinstabilitet och sjukdom”. Disputationen äger rum kl 10.00 i KB3B1, KBC-huset. Fakultetsopponent är professor Sven Hovmöller, Stockholms universitet.
