NYHET
I tidskriften PloS One publicerar nu forskare vid Umeå universitet ett sätt att kunna analysera arvsmassan i de miljontals formalinbehandlade vävnadsprover som finns i världens biobanker. Det öppnar nya vägar att hitta bland annat biomarkörer för att spåra och följa tumörsjukdomar.
Biobankernas prover är i allmänhet tagna i sjukvården som underlag för diagnos och har sedan fixerats med formalin (för att bevara strukturen i vävnaden) innan de långtidslagras i biobankerna. Det är standardmetoden och det finns miljontals formalinfixerade prover i biobanker över hela världen. Ett problem är emellertid att fixeringen skadar cellernas DNA och RNA, vilket gör det svårt att analysera proverna med t.ex. transcriptomics, en metod för att studera uttrycket av alla ca 21 000 gener samtidigt för att få en ögonblicksbild av vad som händer i en cell och därmed förstå vad som går fel i tumörceller. Metoden har på grund av RNA-skadorna i biobanksprover hittills bara kunnat användas på färska, nyligen nedfrysta prover. I den här artikeln beskrivs i detalj hur formalinet påverkar genuttrycket och vad man bör tänka på för att analysen ska bli så korrekt som möjligt.
- Det ökar användbarheten hos biobanksproverna, vilket i framtiden förhoppningsvis kan leda till upptäckt av nya markörer för tidig diagnos, mer individualiserad behandling och förbättrad livskvalitet för patienterna, säger artikelns huvudförfattare Matilda Rentoft, som är doktorand i patologi vid Institutionen för medicinsk biovetenskap.
Ett stort antal biomarkörer för olika cancerformer har föreslagits, men vidare studier av dem har i många fall gett motsägelsefulla resultat. En av de avgörande orsakerna har då varit ett för lågt antal analyserade prover. På grund av tumörernas skiftande natur krävs ett mycket högt antal, vilket i många fall varit omöjligt. Den forskargrupp Matilda Rentoft tillhör fokuserar på cancer i huvud- och halsregionen, vilket drabbar ca 1 200 svenskar varje år, och hon intresserar sig speciellt för tumörer i tungan. Det är en cancerform som främst drabbar rökare i medelåldern, men där man under senare år har sett en ökning bland unga ickerökare.
För att närmare studera tumörer i tungan har Matilda Rentoft använt arkiverade och formalinfixerade prover som varit upp till tolv år gamla.
- Utöver fördelen att kunna gå tillbaka i tiden och plocka ut det antal prover man behöver finns också dokumenterade kliniska data till många av biobanksproverna, bland annat i form av patientjournaler, säger hon. Detta gör det möjligt att studera samband mellan genuttrycken och faktorer som överlevnad och svar på behandling. Att göra liknande studier på inkommande patienter skulle ta väldigt många år.
I sina studier har Matilda Rentoft sett att genuttrycken i arkiverade prover påverkas av lagringstiden och kvalitet hos provet. Det ställer till problem för analysen, men via jämförelser med tidigare resultat från färskfrusna prover av hög kvalitet var det möjligt att förfina analysen och slutligen identifiera 934 gener som tydligt skilde mellan frisk och sjuk vävnad.
Resultaten i studien är ett steg närmare ett förbättrat användande av biobanksprover i sökandet efter nya biomarkörer och är viktiga för hur framtida studier läggs upp. Medförfattare till artikeln är vid Umeå universitet professor Göran Laurell, Institutionen för klinisk vetenskap, och professor Karin Nylander, Institutionen för medicinsk biovetenskap.
För mer information, kontakta gärnaMatilda Rentoft, Institutionen för medicinsk biovetenskap,Umeå universitet,tel. 090-7852787mobil 0730463404 e-post Matilda.rentoft@medbio.umu.se
Referens
M Rentoft, PJ Coates, G Laurell, K Nylander: Transcriptional profiling of formalin fixed paraffin embedded tissue: pitfalls and recommendations for identifying biologically relevant changesPloS One: Research Article, published 17 Apr 2012 10.1371/journal.pone.0035276 artikelllänk
