Doktorand i växtbiologi inom funktionell genomik i barrträd

Institutionen för fysiologisk botanik

Institutionen för fysiologisk botanik vid Umeå universitet utlyser en doktorandanställning inom projektet Con-TEki, som undersöker rollen hos transposabla element (TEs) som drivkrafter för regulatorisk innovation i barrträd (gran och tall).

Institutionen är en del av Umeå Plant Science Centre (UPSC; www.upsc.se), en internationellt ledande forskningsmiljö med cirka 200 forskare inom växtbiologi, inklusive molekylärbiologi, genomik, fysiologi och bioinformatik. UPSC erbjuder tillgång till avancerad infrastruktur för växttransformation, sekvensering, beräkningsanalys och avancerad mikroskopi i en starkt samarbetsinriktad och tvärvetenskaplig miljö.

Projektbeskrivning

Barrträdsgenom är mycket stora och rika på transposabla element, men de funktionella konsekvenserna av TE-integrationer för genreglering är fortfarande dåligt förstådda. Con-TEki-projektet syftar till att förstå hur TE-härledda regulatoriska element bidrar till divergens i genuttryck och adaptiva responser i barrträd.

Detta doktorandprojekt fokuserar på utveckling och implementering av metoder för funktionell validering av regulatoriska element i barrträdssystem. Arbetet kommer att integrera storskaliga regulatoriska genomikdata med experimentell molekylärbiologi för att direkt testa hypoteser genererade från genomdata.

Projektet omfattar integration av genomdata (t.ex. kromatintillgänglighet, genuttryck och metyleringsdata) med experimentella metoder för att validera kandidatregulatoriska element och genregulatoriska mekanismer. Särskild vikt kommer att läggas vid att etablera robusta och reproducerbara arbetsflöden för funktionella analyser i gran och tall.

Inom ramen för projektet ges goda möjligheter att utveckla kompetens i gränslandet mellan experimentell molekylärbiologi och bioinformatik. Projektet kommer att använda transformations- och valideringsplattformar vid UPSC, vilket möjliggör direkt testning av kandidatregulatoriska element i barrträdssystem. Projektet är särskilt väl lämpat för kandidater med ett starkt intresse för utveckling och optimering av experimentella metoder. Erfarenhet av reportergenanalyser, transienta expressionssystem eller genomredigering är särskilt meriterande.

Arbetsuppgifter

Doktoranden kommer att utbildas i att:

• Utveckla och implementera experimentella metoder för funktionell validering av regulatoriska element
• Utföra molekylärbiologiska experiment, inklusive nukleinsyraextraktion och bibliotekspreparering för sekvensering
• Bidra till generering, bearbetning och tolkning av genomdata
• Integrera experimentella resultat med beräkningsbaserade analyser
• Utveckla reproducerbara arbetsflöden för experimentella och analytiska moment
• Delta i vetenskaplig kommunikation genom presentationer och publikationer

Behörighet 

Grundläggande behörighet har den som har avlagt en examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper. Fakultetsnämnden får för en enskild sökande medge undantag från kravet på grundläggande behörighet om det finns särskilda skäl. (HF 7 kap 39 §)  

För att uppfylla kravet på särskild behörighet att antas till utbildning på forskarnivå i växtbiologi krävs att den sökande fullgjort kursfordringar om minst 90 högskolepoäng på avancerad nivå i biologi, eller andra ämnen med relevans för forskningsområdet, t ex, kemi, fysik eller datavetenskap. Av dessa måste minst 15 högskolepoäng vara från kurser med direkt relevans för forskningsprojektet, och minst 15 högskolepoäng från ett individuellt projektarbete.  Goda kunskaper i engelska, båda skriftliga och muntliga, är också ett krav.  

Kraven på förkunskaper enligt ovan anses uppfyllda även av den som i annan ordning förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper. 

Kvalifikationer

Krav

• Praktisk erfarenhet av molekylärbiologiska metoder
• God förmåga att arbeta experimentellt på ett strukturerat och reproducerbart sätt
• God förmåga att kommunicera på engelska i tal och skrift

Meriterande

• Erfarenhet av högkapacitetssekvensering (t.ex. RNA-seq, ATAC-seq eller liknande)
• Erfarenhet av arbete med växtmaterial
• Erfarenhet av bioinformatik, programmering eller dataanalys
• Erfarenhet av metodutveckling och optimering

Om anställningen

Anställningen syftar till en doktorsexamen och doktorandens huvuduppgift är att ägna sig åt sin forskarutbildning vilket innefattar såväl deltagande i ovan beskrivna forskningsprojekt som i forskarutbildningskurser. I arbetsuppgifterna kan undervisning och annat institutionsarbete (maximalt 20%) ingå. Anställningen är tidsbegränsad till fyra år heltid eller upp till fem år vid undervisning deltid. Löneplaceringen sker enligt fastställd lönestege för doktorandanställning. 

Tillträde den 5 oktober 2026 eller enligt överenskommelse.

Ansökan

Ansökan ska vara skriven på engelska (företrädesvis) eller svenska och lämnas via Umeå universitets rekryteringssystem Varbi. Sista ansökningsdag är 31 juli, 2026.

En fullständig ansökan ska innehålla:

• Personligt brev (max 2 sidor) där du beskriver dina kvalifikationer och vad som motiverar dig till att söka anställningen
• CV
• Kopior av examensbevis och dokumentation av fullföljda högskolekurser och betyg
• Kontaktuppgifter till 2–3 referenser
• Eventuella övriga handlingar som den sökande vill åberopa

Kontakt

Vid frågor, kontakta: Professor Nathaniel R. Street, Umeå universitet, nathaniel.street@umu.se