Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med över 37 000 studenter och cirka 4 700 anställda. Vid universitetet finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden, och här gjordes den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 som tilldelats Nobelpriset i kemi. Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur.
Den samhällsomvandling och de stora gröna investeringar vi ser i norra Sverige skapar enorma möjligheter och komplexa utmaningar. För Umeå universitet handlar det om att bedriva forskning om – och mitt i – ett samhälle i omvandling. Men också om att leverera utbildningar för regioner som behöver expandera fort och hållbart. Det är helt enkelt här framtiden skapas.
Umeå Plant Science Center (UPSC) är en av Europas starkaste forskningsmiljöer för grundläggande växtforskning (www.upsc.se). Vårt gemensamma mål är att förstå växters anpassningsförmåga och acklimatisering till en föränderlig miljö.
Institutionen för fysiologisk botanik (www.umu.se/en/department-of-plant-physiology/), som är en av parterna i UPSC, söker en staff scientist som ska arbeta med metagenomiska data. Anställningen är tillsvidare med tillträde omgående eller enligt överenskommelse.
Projektbeskrivning och arbetsuppgifter
Anställningen innebär analys av olika typer av genomiska data som genereras av projekt från forskargrupper vid UPSC med tonvikt på populationsgenetik, metatranskriptomik, RNA-sekvensering av barrträdsarter samt metagenomiska data (främst amplicon). Arbetsuppgifterna kommer att sträcka sig från bearbetning av rådata och kvalitetskontroll till att arbeta tillsammans med forskargruppsmedlemmar för att underlätta tolkning inklusive visualisering av storskaliga data. Kandidaten kommer att arbeta med att dokumentera och skriva reproducerbar kod och använda versionskontrollsystem (till exempel git, github). Arbete tillsammans med forskargrupper kommer att ske under längre perioder där kandidaten förväntas bidra väsentligt genom att hjälpa till med analys och tolkning av projektdata.
Kvalifikationer
Vi söker en mycket motiverad och teamorienterad person med dokumenterad erfarenhet av eukaryot populationsgenetisk analys och jämförande genomik. Doktorsexamen i ett ämne som är relevant för anställningen, såsom populationsgenetik, bioinformatik eller växtmolekylärgenetik är ett krav. Kandidaten måste vara villig att lära sig nya färdigheter och tekniker beroende på behov för att säkerställa att de mest uppdaterade tillvägagångssätten och nuvarande bästa praxis används. Kunskap om att tillämpa en rad biostatistiska metoder är ett krav för anställningen, särskilt statistiska metoder relaterade till populationsgenetik. Dokumenterad förmåga att producera högkvalitativa och informativa visualiseringar av komplexa datamängder som lämpar sig för vetenskaplig publicering är ett krav. Dokumenterade färdigheter inom bioinformatik är också ett krav och kandidaten måste ha erfarenhet av att analysera omsekvenseringsdata i populationsskala och köra analyser med hjälp av högpresterande datorinfrastrukturer. Expertis inom rutinmässiga bioinformatiska uppgifter, inklusive en hög nivå av skicklighet i att använda en kommandoradstolk, är också ett krav. Därtill ska kandidaten ha dokumenterade kunskaper i R och Python samt mycket goda kunskaper i engelska både i tal och skrift.
Erfarenhet av att bygga arbetsflöden i nextflow, snakemake eller liknande är mycket meriterande. Förtrogenhet med andra relevanta programmerings- eller skriptspråk är önskvärt, liksom kunskap av metoder för att utveckla resurser med öppen tillgång för datautforskning, så som användningen av Shiny. Det är också meriterande om kandidaten har dokumenterad erfarenhet av att driva projekt fram till vetenskaplig publicering.
Tidigare erfarenhet av att arbeta med växtarter med stora genom är meriterande. Detsamma gällande erfarenhet av att arbeta med metatranskriptomik eller RNA-sekvenseringsdata, liksom erfarenhet av metagenomisk analys.
Anställningsvillkor
Anställningen är på heltid och tillsvidare. Provanställning på upp till 6 månader kan tillämpas. Tillträde omgående eller enligt överenskommelse.
Ansökan
Ansökan ska innehålla:
Ett personligt brev där du beskriver dig själv och din tidigare relevanta forskningserfarenhet. Brevet ska innehålla länkar till ditt tidigare arbete inom webbutveckling, användargränssnitt och webbdesign som kan visa varför du är kvalificerad för tjänsten (max 2 sidor).
CV
Vidimerade kopior av examensbevis för doktorsexamen
En publikationslista inklusive en länk till din doktorsavhandling.
Övriga handlingar du vill åberopa.
Du ansöker via vårt e-rekryteringssystem Varbi. Ansök via knappen längst ner på sidan. Sista ansökningsdag är 16 maj 2025.
För mer information, vänligen kontakta professor Nathaniel Street, +46-(0)90-786 5473, nathaniel.street@umu.se.
Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.
Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser.
