Postdoktorsstipendium (2 år) inom beräkningsmodellering av mänsklig cellsignalering och metabolism Institutionen för medicinsk biovetenskap erbjuder ett postdoktoralt stipendium inom projektet ”Enhetlig beräkningsmodellering av mänsklig cellsignalering och metabolism för att främja precisionsonkologi”. Stipendiet omfattar heltidsstudier under 2 år, med tillträde i september 2026 eller enligt överenskommelse.
Institutionsspecifik information Forskningen kommer att bedrivas i Cemal Erdems laboratorium vid Institutionen för medicinsk biovetenskap, som erbjuder en internationell, samarbetsinriktad och öppensinnad forskningsmiljö. Besök gärna labbets webbplats för mer information: https://erdemlab.github.io.
Erdem-gruppen är en del av SciLifeLab och Wallenberg National Program for Data-Driven Life Science (DDLS), som syftar till att rekrytera och utbilda nästa generation av datadrivna livsvetare samt att skapa globalt ledande kapacitet inom beräknings- och datavetenskap i Sverige. Programmet finansieras med totalt 3,3 miljarder kronor över 12 år av Knut och Alice Wallenbergstiftelsen (KAW). DDLS använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människors hälsa och globala ekosystem.
Projektbeskrivning En central förmåga som i dag saknas inom cancerforskningen är möjligheten att förutsäga hur en specifik cancercell kommer att reagera på en perturbation (t.ex. läkemedelsinhibering eller gen-nedslagning). Att bygga beräkningsmodeller av komplexa, storskaliga och ofullständigt förstådda system är dock fortfarande mycket utmanande. För att hantera detta problem har vi nyligen utvecklat SPARCED‑pipelinen, som omvandlar strukturerade listor över arter, parametrar och reaktionstyper till en SBML‑fil (Systems Biology Markup Language), och vi har skapat en modell baserad på en av de största pan‑cancer‑signalmodellerna i litteraturen. SPARCED är kompatibelt med högpresterande beräkningar och molnbaserad databehandling, kan simulera tusentals till miljontals enkelcellstrajektorier, är lätt att bygga ut med nya signalvägar och kan tränas om med nya omikdata för nya cellulära kontexter.
SPARCED består för närvarande av två sammankopplade moduler, där den första delen simulerar proteinsignaleringskaskader och den andra delen simulerar mRNA‑nivåer med hjälp av stokastiska metoder. Detta gör det möjligt för SPARCED att realistiskt representera mRNA‑antal (eller transkriptionsburst), som skiljer sig något mellan varje simulering, och därigenom efterlikna enkelcellsbeteende. SPARCED saknar dock för närvarande en nyckelkomponent: cellulär metabolism. Nyligen har ett metabolt atlas över mänskliga celler publicerats, vilket nu gör det möjligt att sammanföra proteinsignalmodeller med information om metabola nätverk.
Inom detta projekt kommer postdoktorn att få möjlighet att:
Sammanställa och anpassa information från det humana metabola atlast till SPARCED‑format och integrera denna för att generera SPARCED‑Metabolome‑modellen (SPARCED‑Me).
Sammanställa ytterligare databaser för att inkludera nödvändiga korskopplingsinteraktioner och därigenom konstruera en fullständig modell.
Bidra till insamling av multi‑omikdata (transkriptomik, proteomik och metabolomik) från olika cancercellinjer för att parametrisera SPARCED‑Me‑modellen i olika cellulära sammanhang.
I vår forskargrupp är vi engagerade i att främja en samarbetsinriktad och inkluderande miljö som stödjer reproducerbara och rigorösa forskningsmetoder. Som postdoktor i vår grupp kommer du att dra nytta av en trygg och respektfull forskningsmiljö, få dedikerad handledning och ha frihet att utveckla och följa innovativa idéer. Detta stipendium är särskilt lämpligt för forskare som vill utveckla och använda beräkningsverktyg för att studera cellulära processer in silico och som vill växa i en stödjande miljö.
Detta postdoktorala stipendium finansieras av Kempestiftelserna och administreras av Umeå Universitet.
Kvalifikationer För att kvalificera dig som postdoktoral stipendiat krävs att du har avlagt doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Detta krav måste vara uppfyllt senast vid beslut om stipendiat.
Prioritet ges till kandidater som avlagt doktorsexamen, enligt ovan, för högst tre år sedan. Om det finns särskilda skäl kan kandidater som avlagt doktorsexamen tidigare också vara behöriga. Särskilda skäl inkluderar frånvaro på grund av sjukdom, föräldraledighet, fackliga uppdrag, militärtjänst eller liknande omständigheter, samt klinisk praktik eller andra uppdrag relevanta för ämnesområdet.
Doktorsexamen bör vara inom beräknings-/systembiologi, datavetenskap, bioinformatik, biostatistik, molekylärbiologi/-medicin eller ett närliggande område.
Ytterligare krav
Stark meritlista inom relevant forskningsområde, dokumenterad genom förstaförfattarskap i peer-reviewade originalpublikationer
Omfattande färdigheter i dataanalys och bioinformatik
Goda kunskaper i programmering med Python
Goda kunskaper i versionshantering (Git, GitHub)
Meriterande kriterier:
Erfarenhet av metabol nätverksmodellering
Erfarenhet av analys och forskning inom metabolomik
Erfarenhet av ODE‑baserad beräkningsmodellering
Erfarenhet av SBML-filhantering
Erfarenhet av Docker eller andra containerbaserade plattformar
Grundläggande förståelse för våtlabbarbete och cellodling
Vi söker kandidater med ett starkt intresse för storskalig beräkningsmodellering och cancerforskning. Kandidater bör vara lagspelare, engagerade i vetenskapliga diskussioner och idéutbyte.
Ansökan Ansökan ska innehålla:
En kort beskrivning av dina forskningsintressen och en motivering till varför du är intresserad av postdoktorsstipendiet (max två A4-sidor)
CV (max sex A4-sidor)
Publikationslista (max två A4-sidor)
Examensbevis från doktorandstudier och andra relevanta examina
Kontaktuppgifter till två referenspersoner (e-postadress och telefonnummer med landskod)
Ansökan ska skrivas på engelska eller svenska, och bifogade dokument ska vara i Word- eller PDF-format. Ansökan registreras via Umeå universitets e-rekryteringssystem Varbi och skickas in senast 2026-06-15.
Mer information För mer information om projektet, kontakta Cemal Erdem på cemal.erdem@umu.se.
