Hoppa direkt till innehållet

Information till studenter och medarbetare med anledning av covid-19 (Uppdaterad: 15 april 2021)

printicon
Publicerad: 11 jun, 2014

Studenter utvecklade system för epigenetik-forskare

NYHET Att forska om hur arvsmassan används i celler och organismer genererar stora mängder data. Nu slipper forskarna i molekylärbiologi vid Umeå universitet springa mellan varandra med experimentdata på USB-stickor. Drygt 50 studenter har i ett stort projekt utvecklat ett användarvänligt system för att lagra och analysera epigenetiska data – Genomizer. Nästa år fortsätter nya studenter utvecklingsarbetet.

– Jag tror att vi har lärt oss lika mycket på det här projektet som studenterna gjort, säger molekylärbiologen Per Stenberg, en av forskarna i nätverket EpiCoN vid Umeå universitet.

Mattias Hinnerson visar molekylärbiologen Yuri Schwartz hur systemets app för smartphone fungerar.

Högre organismer har tiotusentals gener som måste regleras så att bara de gener som behövs i en viss cell eller vävnad är påslagna. DNA-strängen i en mänsklig cell är två meter lång, men måste rymmas i cellkärnan som bara är sex tusendels millimeter i diameter.
DNA:t måste därför packas ihop så att bara de gener som ska vara aktiva i en viss cell är åtkomliga för de proteiner som har till uppgift att reglera och läsa av generna. För att rätt gener ska vara påslagna och åtkomliga när cellen delar sig, måste den ha ett slags ”minne” som ärvs från cell till cell.

Stora datamängder
Forskarna i EpiCoN undersöker detta så kallade epigenetiska minne och kartlägger hur arvsmassan används i en organism eller en cell. De har ofta stora mängder data att hantera, filer från stora databaser som behöver processas innan ytterligare analyser går att göra. Det tar tid att lära sig göra dessa förprocesser och hittills har var och en sparat sina filer lokalt på sin egen hårddisk. Även om forskarna brukar dela data mellan varandra, har de ofta upptäckt att de dubbeljobbat genom att olika personer ovetande av varandra gjort samma jobb med samma data.

Forskarna Per Stenberg och Jan Larsson tittar närmare på hur Genomizer fungerar i surfplattan. De är imponerade av studenternas arbete med systemet. – Jag tror att vi har lärt oss lika mycket på det här projektet som studenterna gjort, säger Per.

Studenter på civilingenjörsprogrammen i teknisk datavetenskap och interaktion och design, samt kandidatprogrammet i datavetenskap, fick därför inom kursen Programvaruteknik uppdraget att hjälpa forskarna struktera deras datahantering.– Forskarna ville ha en gemensam enhet som alla kan nå och ett system som fungerar på alla datorer, berättar Mattias Hinnerson, en av studenterna i projektet.
Forskarna önskade sig också ett lättanvänt system, där det inte behövs kunnande i programmering för att utföra enklare analyser.

Totalt 55 studenter tog itu med projektets olika delar. Deras arbete har resulterat i ett databassystem för persondator med appar för smartphone och surfplatta, samt en hemsida. Systemet fungerar både med IOS, Windows och Linux operativsystem.

Täta kontakter under projektet
– Vi har hållit på i två månader på heltid med projektet, berättar studenten Isak Dunér-Lundberg. Först var det en ganska lång inledande fas då vi tog reda på vilka problem systemet behövde lösa, sedan fem veckor då vi arbetade med utveckling av systemet.

Systemet levererades bit för bit, så att forskarna skulle få pröva olika funktioner och ha synpunkter.
– Vi har inte velat lämna en slutprodukt som de antingen skulle anta eller förkasta, säger Mattias Hinnerson. Vi har haft mycket kontakt med forskarna under projektets gång för att se ”vad tycker ni om det här?”.

– Det är ett jätteintressant projekt där det handlat mycket om att kommunicera med varandra, säger forskaren Per Stenberg. Studenterna är duktigare än oss på data, samtidigt som de måste förstå vad vi forskar om för att kunna förstå våra problem.
– Från början tänkte jag att det skulle vara omöjligt att samarbeta med nära 60 personer, säger Jan Larsson, forskare i molekylärbiologi. Man tyckte att man hela tiden pratade med en massa olika personer! Men studenterna har löst det på ett bra sätt, det har fungerat.

Om forskarna hade engagerat programvaruutvecklare på den öppna marknaden hade systemet förmodligen blivit ganska dyrt, gissar studenterna Mattias och Isak. Nu behövde forskarna bara satsa en del av sin egen tid.
– Vi är ju studenter och har lärt oss under tiden vi arbetat. Hade det varit på ett företag hade det nog inte behövts 50-60 personer för projektet, säger Isak Dunér-Lundberg. Och eftersom vi är studenter var det också flera önskemål från forskarna som vi inte hann förverkliga. Det får nästa års studenter ta tag i, projektet är ett samarbete som kommer att fortsätta!

Text & foto: Anna-Lena Lindskog

55 studenter i teknisk datavetenskap, datavetenskap och interaktion och design har tillsammans utvecklat systemet Genomizer som hjälper forskare i molekylärbiologi vid Umeå universitet lagra DNA-data gemensamt och göra enklare analyser av materialet.

Redaktör: Anna-Lena Lindskog