Eleonora Mussinos studier har främst fokuserat på internationell migration, en av de viktigaste och mest omdiskuterade frågorna i dagens europeiska samhällen. Hon har bidragit till förståelsen av mekanismerna bakom invandrares beslut om barnafödande och deras bidrag till ett lands totala fertilitetstal. Hon har också undersökt tillgången till mödravård samt användningen av föräldraledighet bland migranter och infödda. Dessa studier har visat att starka ojämlikheter och strukturella hinder kvarstår för invandrare i många destinationsländer.