µNordic Single Cell Hub (µNiSCH)

Om faciliteten

µNiSCH (µNordic Single Cell Hub) är en toppmodern infrastruktur med målet att främja encellsbiologi vid Umeå universitet. Vår facilitet fokuserar på att konsolidera och expandera forskningen inom detta dynamiska område. Vi är också i framkant när det gäller att utveckla innovativa molekylära verktyg för encellstranskriptomik och encellsgenomik, med särskilt fokus på mikrobiella studier.

Strategisk relevans

Umeå universitet har omfattande expertis inom mikrobiologi, vilket ger oss en unik möjlighet att fylla nuvarande kunskapslucka för forskning inom single-cell-omics. För att uppnå detta behöver vi integrera existrerande utrustning, metoder, verktyg och resurser på ett strategiskt sätt så att vi har en dynamisk och självförsörjande facilitet. Detta FoU-nav kommer inte bara att erbjuda varaktigt stöd till forskare utan också säkerställa snabba och flexibla svarstider. Faciliteten kommer vara tillgänglig för lokala och internationella forskare att utnyttja avancerade encellsteknologier till ett överkomligt pris.

Vårt initiativ är avgörande för att främja innovativ och tvärvetenskaplig forskning, särskilt för dem som söker kvalitativa tjänster men är begränsade budgetmässigt. Genom att fokusera på dessa aspekter kommer faciliteten sannolikt att fungera som en katalysator för framtida upptäckter. Vi räknar med att utnyttjandet av våra experimentella plattformar och tjänster kommer att öka med tiden med tanke på de många ouppfyllda kunskapsluckorna inom infektionsbiologi.

Tillämpningar

• Encellstranskriptomik
• Encellsgenomik
• Cellbaserade fenotypiska screeningsanalyser
• Flerstegs och biologiska arbetsflöden i enskilda celler
• Spatial fördelning av genuttryck
• Karakterisering av vävnadsmikromiljö

Instrument på faciliteten

Onyx (Atrandi Biosciences)

Onyx är en mikrofluidisk plattform utformad för att generera och manipulera vatten-i-olja-droppar eller semipermeabla kapslar för högkapacitetsanalys av enskilda celler och enskilda molekyler. Den erbjuder intuitiv sprutpumpstyrning, höghastighetsmikroskopi, aktiv manipulation och bildbaserad droppanalys – allt utan att låsa användare till specifika analyser.

Denna oöverträffade flexibilitet möjliggör enkel integration, anpassning och optimering av alla droppbaserade arbetsflöden. Onyx är utformad för tillförlitlighet och användarvänlighet och är den kompletta lösningen för laboratorier som strävar efter att omdefiniera vätskehanteringsprocesser med droppmikrofluidik.

Chromium (10X Genomics)

Chromium Controller använder avancerad mikrofluidik för att utföra partitionering och streckkodning av enskilda celler på några minuter. Chromium Controller, som drivs av Next GEM-teknik, möjliggör integrerad analys av enskilda celler i stor skala. Chromium Controller är kompatibel med Single Cell Gene Expression, Single Cell Immune Profiling och Single Cell ATAC. Avläser molekylära avläsningar av cellaktivitet i flera dimensioner, inklusive genuttryck, cellyteproteiner, immunklonotyp, antigenspecificitet och kromatintillgänglighet.

LabSat Multiplex immunostaining system & Pannoramic Midi II

Snabb immunhistokemi med hjälp av Fast Fluidic Technology (FFeX) möjliggör precisa och effektiva avancerade färgningstekniker, inklusive monoplex och multiplex immunhistokemi (IHC). Tillsammans visar LabSat® Multiplex immunfärgningssystemet och Pannoramic Midi II en snabb IHC- och digital skanningslösning.

The OT-2 multi-well pipetting robot & Mantis Rapid Dispenser System

Automatiserat vätskehanteringssystem utformat för att effektivisera och förbättra laboratoriearbetsflöden.

BD Rhapsody™ HT Xpress System

BD Rhapsody™ Express-systemet möjliggör encellsinfångning och streckkodning av hundratals till tusentals enskilda celler för analys av genomisk och proteomisk information, med hjälp av patentskyddad, skonsam och robust mikrobrunnsbaserad teknik för encellspartitionering.

Tillgänglighet

Tillgänglighet inom Umeå universitet

Alla forskare vid Umeå universitet kommer att ha tillgång till faciliteten. Forskare kommer att kunna kontakta faciliteten via e-post och projektinlämning. Den första kontakten sker genom ett möte för att identifiera behovet och vilken teknik som ska användas och sen gå vidare till att utforma experimentet, till exempel hur många tekniska och biologiska replikat som bör/kan användas, utbilda forskare och till sist genomföra projektet.

Tillgänglighet externa användare

Externa användare förväntas själva bekosta resa och boende. Externa prover kommer att lagras i högst ett år. Tillhandahållande av streckkodsmärkta multiwell-plattor med tillräcklig information om hur prover ska förberedas för transport, hantering av försändelser och lagring kommer att hanteras av facilitetsansvarig. Förvaringsutrymme och kontorsutrymme för kortare vistelser finns tillgängligt vid Institutionen för molekylärbiologi.