Hoppa direkt till innehållet
printicon

Modellering av strukturen hos DNA i tre dimensioner

Doktorandprojekt Med matematiska och fysikaliska modeller försöker jag förstå hur strukturen hos DNA påverkar biologiska processer.

Lucas Hedström är doktorand på Institutionen för fysik och Icelab.

Doktorand

Projektöversikt

Projektperiod

2019-09-01 2024-09-01

Finansiering

Vetenskapsrådet

Forskningsämne

Biologi, Fysik

Projektbeskrivning

Flera processer i cellkärnan, som exempelvis genreglering, påbörjas endast när vissa nyckelproteiner binder till korta segment av vårt DNA. Det intressanta med denna process är att dessa segment kan vara många miljoner kortare än hela längden på vårt genom, som är ihopvirad och ihopklumpad på flera olika nivåer. Frågeställningen lyder alltså – hur kan proteinerna hitta dessa segment på ett effektivt sätt?

Modeller som försöker återskapa hur lång tid det tar för proteiner att hitta vissa delar av genomet grovt överskattar söktiden jämfört mot experiment. I min forskning så använder jag ’Hi-C’-data, experimentellt data vars själva essens ger en uppskattning på hur delarna av vårt genom är i kontakt med sig själv.

Med hjälp av nätverksteori, stokastiska modeller och deep learning så försöker jag hitta signifikanta regioner i vårt DNA som är av stor vikt i denna process, samt förstå hur dessa regioner påverkar samspelet mellan cellkärnans processer.