Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med över 41 500 studenter och cirka 4 600 anställda. Vid universitetet finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden, och här gjordes den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 som tilldelats Nobelpriset i kemi. Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur.
Den samhällsomvandling och de stora gröna investeringar vi ser i norra Sverige skapar enorma möjligheter och komplexa utmaningar. För Umeå universitet handlar det om att bedriva forskning om – och mitt i – ett samhälle i omvandling. Men också om att leverera utbildningar för regioner som behöver expandera fort och hållbart. Det är helt enkelt här framtiden skapas.
Postdoktor (2 år) inom genomik med fokus på transposonerbara element i växter
Om projektet
Con-TEki undersöker rollen hos transposabla element (TEs) som drivkrafter för regulatorisk innovation i barrträd (gran och tall), med jämförelse mot en angiosperm (asp). Projektet kombinerar genomiska, epigenomiska och 3D-kromatinprofileringsmetoder (ATAC-Seq, easySHARE-Seq, ChIP-Seq, Micro-C/Hi-C, BS-Seq/EM-Seq), storskaliga parallella enhanceranalyser (ATAC-STARR-seq) samt komparativa/bayesianska/deep learning-analyser, med funktionell validering i gran.
Postdoktorn kommer att ingå i professor Nathaniel R. Streets forskargrupp vid UPSC och arbeta nära Torgeir R. Hvidsten (NMBU, Norge). Forskningsmiljön erbjuder omfattande stöd för storskalig multiomik-datagenerering och analys samt transformation/embryogenes för funktionell validering. Nathaniel är även biträdande gruppledare vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab) och Integrated Science Lab (IceLab), vilket ger tillgång till ett starkt samarbetsinriktat och tvärvetenskapligt forskningsnätverk.
Huvudsakliga arbetsuppgifter
Utforma och genomföra beräkningsmässiga arbetsflöden inklusive: - Analys av kromatinets tillgänglighet, histonmodifieringar, metylering och kromatinkonformation under torkstress och i samband med ektomykorrhizasvampars association i gran/tall. - Utföra fylogenetiska analyser samt analys av gen-duplikation och genfamiljedynamik. - Bygga integrerade analyser som kopplar TE-härledda cis-regulatoriska element (TE-CREs) till divergens i genuttryck inom och mellan arter. - Implementera pipelines för analys av ATAC-STARR-seq-data för att validera enhanceraktivitet; kartlägga enhancer–promotor-kopplingar via loop-/TAD-strukturer. - Utföra komparativa analyser mot Populus tremula; tillämpa nätverksmodellering och maskininlärning för regulatorisk inferens. - Analys av DNA-metyleringsdata i kombination med sRNA-profilering. - Utföra analys av TE- och lincRNA-uttryck.
Kurera, dokumentera och analysera stora multiomik-datamängder; säkerställa reproducerbarhet och FAIR datahantering.
Leda manuskriptförfattande för högt rankade tidskrifter; presentera vid interna seminarier och internationella konferenser.
Handleda doktorander och bidra till samarbetsprojekt
Kvalifikationskrav
För att anställas med stöd av avtal om tidsbegränsad anställning som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas.
För att anställas med stöd av postdoktoravtalet bör främst den komma ifråga som har avlagt examen enligt föregående stycke för högst tre år sedan. Om det finns särskilda skäl kan den komma i fråga som avlagt doktorsexamen tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, tjänstgöring inom totalförsvaret, eller andra liknande omständigheter samt klinisk tjänstgöring eller för ämnesområdet relevant tjänstgöring/uppdrag.
Doktorsexamen ska vara inom växtmolekylärbiologi, genomik/bioinformatik, systemgenetik eller närliggande område.
Dokumenterad expertis inom minst två av följande områden:
Analys av högkapacitetssekvenseringsdata (ATAC-Seq, ChIP-Seq, BS-Seq/EM-Seq, RNA-Seq); bibliotekspreparering och kvalitetskontroll.
Analys av kromatinkonformationsdata (Hi-C/Micro-C) inklusive TADs/kompartment/loopar.
Beräkningsgenomik: samexpressionsnätverk, komparativ genomik/ortologi, ML/DL för regulatorisk inferens.
En stark publikationslista i relation till karriärstadium samt mycket god vetenskaplig skriftlig och muntlig kommunikationsförmåga på engelska krävs
Meriterande kvalifikationer
Erfarenhet av analyser av segmentella duplikationer/WGD, TE-annotering samt motiv-/footprint-analys.
Erfarenhet av ATAC-STARR-seq eller andra MPRA-metoder; integrering av enhanceraktivitet med 3D-genomdata.
Tidigare arbete med torkstressrespons, vedutveckling, mikrobiella interaktioner eller trädmodeller.
Erfarenhet av HPC-arbetsflöden och reproducerbara pipelines; engagemang för öppen vetenskap/FAIR.
Ansökningar bedöms utifrån vetenskaplig kvalitet, metodologisk relevans för Con-TEki-projektet, samarbetsförmåga samt potential att generera resultat med hög genomslagskraft.
Anställningsvillkor
Anställningen är heltid och tidsbegränsad till två år. Tillträde så snart som möjligt eller enligt överenskommelse.
Ansökan
Ansökan ska vara skriven på engelska (företrädesvis) eller svenska och bifogade dokument ska vara i Word eller PDF format. Ansökan ska registreras via Umeå universitets rekryteringssystem Varbi och vara inkommen senast 6 juni 2026.
En fullständig ansökan ska innehålla:
CV och publikationslista
Personligt brev (max 2 sidor) som beskriver din lämplighet för Con-TEki samt önskad inriktning (laborativt vs beräkningsmässigt arbete; forskningsintressen)
Namn och kontaktuppgifter till 2–3 referenser
Intyg om doktorsexamen (eller planerat examensdatum)
Övrig information
Utvalda kandidater kan komma att bjudas in för att presentera tidigare arbete och en kort forskningsplan i linje med Con-TEki.
Kontakt
Vid frågor, kontakta Professor Nathaniel R. Street, Umeå universitet, nathaniel.street@umu.se
Faktaruta
Tillträde
Tillträde så snart som möjligt eller enligt överenskommelse.
Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.
Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser.
