CASP en ny bro mellan life science och datavetenskap

Kate Bennett, Kemiska institutionen, är koordinator för CASP-plattformen.

BildDavid Nilsson

Målet är att hjälpa forskare att få ut det mesta av sina experimentella data, genom att kunna dra värdefulla biologiska och kemiska slutsatser.

Kan du berätta vad CASP-plattformen är för något?

– Plattformen är en nystartad verksamhet inom ramen för Computational Life Science Cluster, CLiC, vid Umeå universitet. CASP består i dagsläget av en liten grupp dataanalytiker, biokemister och analytiska kemister. Tillsammans har gruppen stark kompetens inom experimentell dataanalys och dessutom mångårig erfarenhet att jobba inom multidisciplinära projekt exempelvis inom omikområdet. Det är fantastiskt att vi alla kan arbeta tillsammans med vår kompletterande expertis. Detta gör att vi kan få en full förståelse för kundens behov, inte bara när det gäller dataanalysen, utan också hur data genererades och lika viktigt, biologin bakom projektet.

Vilken typ av analyser kan man göra på CASP?

– CASP erbjuder ett brett utbud av dataanalysverktyg så att man kan utforska trender, mönster, relationer och till och med prognoser ur stora datamängder. Målet är att hjälpa forskare att få ut det mesta av sina experimentella data, genom att kunna dra värdefulla biologiska och kemiska slutsatser.

– Vi tillhandahåller verktyg och lösningar inom AI/deep learning, maskininlärning, multivariat dataanalys (MVA), univariat statistik och statistisk experimentell design. Vårt huvudfokus är MVA som är en statistikteknik som används för analys av data som involverar mer än en typ av mätning eller observation. Ett exempel skulle kunna vara analys av metabolomiska data, som undersöker överflödet av många metaboliter och ofta från flera ämnen. Identifierade variabler (i detta fall metaboliter) ändras under specifika förhållanden som sjukdom. Exempel på MVA-tekniker inkluderar principalkomponentanalys (PCA), ortogonala projektioner (OPLS) till latenta strukturer och multiblock -dataanalys. En fullständig lista över de analyser vi tillhandahåller finns på vår webbplats.

– Vi har också verktyg för att hjälpa till med utformningen av projekt. Till exempel kring provtagning, när forskaren ska välja en representativ uppsättning prover som ska analyseras från en mycket större kohort, vilket minimerar eventuell bias i urvalet.

Vilka forskare och forskningsområden är målgruppen?

– Vår primära målgrupp är life science -forskare från flera områden, inklusive hälsa, medicin, läkemedel, jordbruk och livsmedelsvetenskap för att nämna några. Ett av våra mål i närtid är att bli ett naturligt och utökat stöd för forskare som använder Umeå universitets experimentella plattformar som Swedish Metabolomics Center och Vibrational Spectroscopy Core Facility. Dessa imponerande toppmoderna anläggningar genererar enorma mängder data och det kan ofta vara svårt att veta det bästa sättet att analysera och tolka dessa data i ett biologiskt eller kemiskt sammanhang. Det är här vi på CASP vill komma in för att hjälpa till att bli en bro mellan livs- och datavetenskap.

– Även om vi främst är en serviceplattform, siktar vi också på att utbilda forskare i de metoder vi använder. Målet är att de sedan kan gå iväg med förtroendet att själva använda verktygen för framtida studier.

Vad gör du i din roll som samordnare?

– Min roll som samordnare är väldigt varierande, vilket är något jag tycker om och lyckas hålla mig på tårna! Som en del av CASP inkluderar mina dagliga arbetsuppgifter att ha möten med kunder, planera aktiviteter och projekt inom plattformen, skriva rapporter och till och med hålla på med budgetplanering. PR för plattformen har varit en viktig roll under vår startfas och nå ut till potentiella kunder, vare sig det är via e-post, telefon, sociala medier eller genom att hålla seminarier vid olika avdelningsmöten.

– En annan sida av mitt arbete är att driva metabolomiska projekt. Detta ger mig möjlighet att komma tillbaka till labbet, vilket jag alltid har älskat att göra.

Som kemist - vad är din bakgrund och hur hamnade du i Umeå?

– Min bakgrund är inom både biokemi och masspektrometri. Under åren har min forskning fokuserats på användning av omikmetoder för att förstå sjukdomsmekanismer, med särskilt fokus på sällsynta genetiska störningar och åldersrelaterade sjukdomar.

– Efter min doktorsexamen vid University College London tog jag det spännande steget att flytta till Umeå som en del av ett Marie Curie ITN-projekt där jag arbetade i många år på ett små och medelstora företag, specialiserat på metabolomik och kliniskt baserade studier. Under denna tid hade vi starka kopplingar till Umeå universitet särskilt till Swedish Metabolomics Center och Kemiska institutionen. Den expertis jag fick inom både metabolomik och dataanalys ledde till min roll som forskningskoordinator som en del av Johan Tryggs grupp vid Kemiska institutionen och till mitt engagemang i CASP. Även om min plan ursprungligen var att stanna i Sverige under två år, är jag fortfarande här tio år senare och ser nu Umeå som mitt hem - även på vintern när snöstormarna yr!

Katie Bennett tillsammans med personal på Computational Analytics Support Platform, CASP.

BildDavid Nilsson