NYHET När säsongens första IceLab Lunch Pitch drog igång var det molekylärbiologen Johan Henriksson som tog scenen. Han behöver samarbetspartners som kan utveckla algoritmer för att hantera och komplettera miljontals mikrobiella gensekvenser. I hans forskning genererar ett enda provtagningstillfälle en datamängd som är så stor att dagens analysmetoder inte räcker till.
Johan Henriksson tycker att Lunch Pitch-formatet är ett av de bättre sätten vi har för att skapa nya samarbeten mellan forskare från olika dscipliner.
BildGabrielle Beansallt mer beroende av kompetens från andra discipliner
– Vår forskargrupp letar alltid efter samarbeten och våra problem sträcker sig från ganska tuff matematik till lika utmanande programmering. För nästa generations biologi kommer vi att bli allt mer beroende av kompetens från andra discipliner, eftersom vi helt enkelt inte kan rymma all nödvändig expertis i ett enda labb, säger Johan Henriksson, forskare på Institutionen för molekylärbiologi vid Umeå universitet.
Lunch Pitch-serien, som arrangeras av IceLab vid Umeå universitet, är utformad för att under en lunchpaus samla forskare från olika discipliner till korta, fokuserade presentationer som väcker samtal och driver fram nya samarbeten.
Johan Henriksson ser formatet som helt i linje med framtidens biologiska forskning. Han hänvisar till sociologen Max Weber, som redan i slutet av 1800‑talet menade att samhället skulle bli allt mer specialiserat – så specialiserat att individer inte längre skulle kunna överblicka helheten. Enligt Johan Henriksson har den utvecklingen bara accelererat.
I centrum för Johans presentation stod en ny metod som hans team har utvecklat och som kan fånga många, men ändå bara en liten delmängd av, upp till en miljon bakteriella genomsekvenser samtidigt. Genom att kunna studera så många bakterier, en i taget, är det är möjligt att förstå exempelvis hur antibiotikaresistens utvecklas.
– Det här är en helt galen mängd data och vi behöver nya verktyg för att analysera den. Just nu studerar vi en cell i taget, och det fungerar inte särskilt bra när datan är så gles.
Målet är att utveckla en maskininlärningsmodell, algoritm eller datastruktur som kan representera den underliggande gemensamma genetiska variationen och fylla i den saknade informationen mellan de samplade cellerna.
– Därifrån kan vi kanske också annotera den genetiska sekvensen i ett enda steg, till exempel identifiera vilka gener som finns där och vad de gör.
Johan Henriksson vill gärna samarbeta med forskare inom maskininlärning, gles linjär algebra, vektordatabaser eller avancerade datastrukturer. Han ser också möjligheter inom federerad databehandling.
Icelab lunch-pitchen följs av livliga diskussioner.
BildGabrielle BeansAtt tala inför en bred tvärvetenskaplig publik är alltid en utmaning, påpekar han.
– Man måste destillera ner essensen av sitt problem. Det du själv tycker är mest intressant är inte nödvändigtvis det som fångar publikens uppmärksamhet. Men det är också just därför du pitchar. Du presenterar problem som andra kan tycka är spännande och som kräver annan sorts expertis.
Han fortsätter:
– Det kan till och med finnas användare (biologer) som nu inser vilka möjligheter vi har. Det här är ett lovande område där vi har chansen att ta täten, så alla med affärssinne borde haka på.
Trots att det aldrig är enkelt att skapa nya samarbeten tror Johan Henriksson att Lunch Pitch-formatet är ett av de bättre sätten vi har för att tända gnistan.
– Ärligt talat är det inte lätt, men det är förmodligen det bästa vi kan åstadkomma. En pitch är bara början på ett samtal. Sedan börjar det hårda arbetet när båda sidor måste lära sig tillräckligt om problemet för att kunna bidra till en lösning. Djävulen är alltid i detaljerna.
För honom ligger den verkliga styrkan i evenemangets förmåga att samla öppensinnade forskare i samma rum.
– Nu måste vi bara omsätta ord i handling!
