NYHET Forskare i Umeå har hittat en viktig pusselbit för att kartlägga varianter i arvsmassan som är kopplade till risk för ärftlig sjukdom. Genom att skapa en databas över genetiska varianter i Västerbotten, har forskarna visat att det går att reducera antalet sjukdomsbärande genvarianter till en handfull som sedan kan studeras i detalj.
BildMostphotos
– Detta öppnar för att hitta underliggande genetiska orsaker till flera cancertyper som vi har forskningsprojekt kring, säger Beatrice Melin, professor i onkologi vid Umeå universitet och en av medförfattarna till studien.
Det är med så kallad DNA-sekvensering som arvsmassan kartläggs. På samma sätt som varje människa har ett unikt fingeravtryck, har varje individ en unik sekvens, en kedja av DNA-element som tillsammans bildar arvsamman, genomet.
När den nya tekniken för DNA-sekvensering utvecklades, blev det möjligt att relativt enkelt sekvensera hela arvsmassan hos en människa. Optimismen var då stor att man skulle kunna identifiera orsaken till de flesta ärftliga sjukdomar.
Det visade sig dock svårt i praktiken, eftersom den genetiska variationen mellan människor är mycket stor även i ett begränsat område som Sverige. Trots olika metoder för att statistiskt selektera bort genetiska varianter som antogs inte kunde koppla till sjukdomar, fanns det tiotusentals genetiska varianter kvar.
Det forskarna nu har gjort är att angripa frågan från andra hållet. De valde ut 300 individer fördelade över Västerbotten, som inte diagnostiserats med cancer vid 80 års ålder. Genom att de kunde betraktas som relativt fria från ärftlig cancer, kunde de användas som en frisk kontrollgrupp. Man gjorde DNA-sekvensering av hela arvsmassan för dessa 300 personer.
Detta jämfördes med DNA hos en familj i samma geografiska område med en form av tjocktarmscancer som bedöms kunna vara ärftlig. Forskarna kunde då begränsa antalet till bara 26 genetiska varianter som förekom i den cancerdrabbade familjen men inte i hela kontrollpopulationen. Detta antal varianter är en hanterlig mängd för att kunna gå vidare och studera i detalj.
– Vi kan se att metoden med en regional kontrollpopulation är helt avgörande för att kunna begränsa de genvarianter som kan ge ärftlig cancer. Den här databasen kan nu vara till nytta för andra familjer med andra ärftliga sjukdomar i regionen, säger Erik Johansson, professor i medicinsk biokemi vid Umeå universitet.
Underlaget till studien kommer från det blod som västerbottningarna lämnar i Västerbottens hälsoundersökningar.
Studien är publicerad i den vetenskapliga tidskriften Plos One.
A geographically matched control population efficiently limits the number of candidate disease-causing variants in an unbiased whole-genome analysis
Olason, Olle Sjöström, Carin Nylander, Pia Osterman, Rickard Sjögren, Sergiu Netotea, Carl Wibom, Kristina Cederquist, Andrei Chabes, Johan Trygg, Beatrice S. Melin, Erik Johansson
