Open Science ger nytt ljus på metabolomik

Open Science workshop under konferensen “Current Trends in Applied Mass Spectrometry”, där forskare fick lära sig använda den publika en databasen MetaboLights.

BildRebecca Forsberg

Masspektrometri är en central teknik inom metabolomikforskning och gör det möjligt för forskare att identifiera och mäta små molekyler – metaboliter – i biologiska prover. Metabolomik spelar en avgörande roll i studier av biokemiska processer i allt från celler till ekosystem och har breda tillämpningar; från att diagnostisera sjukdomar och studera människors hälsa till att förbättra växters motståndskraft. 

I takt med att metabolomikdata växer i storlek och komplexitet blir Open Science allt viktigare. Forskningsdata och andra forskningsresultat är inte längre bara det underliggande materialet som stödjer vetenskapliga publikationer, utan värdefulla resurser i sig själva, som kan göras tillgängliga för andra att använda och citera. Open Science har därmed förändrat vetenskaplig publicering och främjar transparens, samarbete och tillgänglighet i forskningen, vilket i sin tur säkerställer att värdefulla dataset blir tillgängliga för fler än en enskild forskargrupp. 

För att maximera metabolomikforskningens genomslag måste data vara välorganiserad, delbar och återanvändbar i olika studier. Här kommer FAIR-principerna in – Findable, Accessible, Interoperable och Reusable (sökbara, tillgängliga, interoperabla och återanvändbara). Ett dataset som följer FAIR-principerna innehåller metadata såsom organism, vävnadstyp och använd metod, vilket möjligtgör för andra forskare att analysera eller jämföra data med sina egna resultat. 

Open Science workshop om MetaboLights

BildRebecca Forsberg

Belyser metaboliter med MetaboLights 

Open Science-sessionen organiserades av Umeå universitetsbibliotek, Swedish Metabolomics Centre, SMC och Swedish Mass Spectrometry Society, SMSS, i samarbete med EMBL-EBI, European Molecular Biology Laboratory – European Bioinformatics Institute. Instruktörerna introducerade Open Science och guidade deltagarna i hur FAIR-principerna kan tillämpas för att skapa högkvalitativ metadata för MetaboLights, en publik databas för metabolomikdata. 

Instruktörer fanns både på plats och med online, inklusive Noemi Tejera och Ozgur Yurekten från EMBL-EBI samt Annika Johansson, Head of Facility vid SMC, och Theresa Kieselbach från Umeå universitetsbibliotek. Genom praktiska övningar fick deltagarna arbeta i par för att få erfarenhet av MetaboLights-inskickningsprocessen, inklusive standardiserade format och kontrollerade vokabulärer. 

Theresa Kieselbach uttryckte stor tacksamhet över möjligheten att samarbeta med MetaboLights-teamet och var glad över att experter från EMBL-EBI kunde delta och dela med sig av sin expertis till workshopens deltagare. 

Katie Bennett, vetenskaplig koordinator för Computational Metabolomics Group i Umeå, betonade workshopens betydelse: 
– Jag tyckte att det var väldigt värdefullt, eftersom verktyg som MetaboLights blir allt viktigare för att driva metabolomikforskningen framåt och säkerställa öppen och FAIR datahantering. Att förstå dessa resurser hjälper oss att bättre stödja forskare inom beräkningsmetabolomik. 

Dr. Katie Bennett (CASP) and Dr. Ilona Dudka (Swedish NMR Centre), combining expertise and working together as part of the Computational Metabolomics Group, SciLifeLab.

BildAnna Shevtsova

Genom att ge forskare verktyg för att navigera kraven inom Open Science stärkte workshopen grunden för mer transparent och inflytelserik metabolomikforskning – och hjälpte forskare att omvandla komplex data till varaktiga och citerbara vetenskapliga bidrag.