Doktorand i medicinsk vetenskap med inriktning mot Virologi

Arbetsbeskrivning

Du kommer att arbeta i Marta Ballys laboratorium (https://ballylab.com/) vid Institutionen för klinisk mikrobiologi, Umeå universitet (https://www.umu.se/en/department-of-clinical-microbiology/), samt i Marie Skłodowska-Curie (MSCA) doktorandnätverket GLYCOCALYX.

Om nätverket: GLYCOCALYX sammanför 15 ledande europeiska partners i ett transnationellt nätverk som implementerar ett tvärvetenskapligt och tvärsektoriellt forsknings- och utbildningsprogram mellan akademiska och industriella partners för att undersöka självorganiseringen och barriärfunktionerna hos däggdjursglykokalyxen.

Praktiskt taget alla däggdjursceller är täckta av ett tätt och komplext lager av sockerkedjor (glykaner) som kallas glykokalyx, vilket är avgörande för flercelligt liv. Glykokalycer utför kritiska funktioner i intercellulär kommunikation, kontrollerar vävnadsutveckling, homeostas och reparation, inflammatoriska och immunsvar, neuronal konnektivitet och symbios med bakterier. När de dysregleras kan de främja immunsjukdomar, neurodegeneration och cancer. Glykokalycer fungerar också som den första försvarslinjen mot patogener, men vissa patogener har utvecklats för att kapa glykokalyxen för att främja infektion.

Trots sin betydelse förblir däggdjursglykokalyser biologins "mörka materia", understuderade på grund av den historiska bristen på preparativa och analytiska verktyg för att undersöka den lokala molekylära sammansättningen och övergående interaktioner mellan molekyler inom glykokalyser, samt saknade fysikregler för att tolka experimentella observationer

GLYCOCALYX-nätverket kommer att utbilda 15 doktorander i kemi, fysik och biologi, metoder och koncept som krävs för att lösa den dynamiska organisationen av glykokalyser. Projektet kommer att etablera en ny nivå av förståelse för hur glykokalyser utför sina många selektiva barriärfunktioner. Doktoranderna kommer att få spetsvetenskaplig utbildning, tillsammans med industrirelevanta överförbara färdigheter, för att utrusta dem för karriärer inom medicintekniksektorn och dess underliggande forskning och innovationer.

Arbetsuppgifter

Om doktorandprojektet: Virala infektioner i endotelet – Glykokalyxpenetration och viral patogenes

Virus behöver penetrera glykokalyxen för att nå cellmembranet för virusupptag. Detta är särskilt utmanande för virus som infekterar endotelet, vilket kännetecknas av en glykokalyx som är flera gånger tjockare än de flesta virus. Eftersom virus saknar självgående rörlighet måste deras rörelse genom glykokalyxen förlita sig på finjusterade och ofta svaga och multivalenta molekylära interaktioner. De fysikalisk-kemiska egenskaperna hos dessa interaktioner är fortfarande dåligt förstådda på molekylär nivå, liksom hur de formar virusdynamiken på cellytan. Det är också oklart om det finns ett samband mellan effektiviteten med vilken virus passerar glykokalyxen och deras förmåga att orsaka sjukdom.

I detta projekt kommer du att använda en kombination av avancerad fluorescensmikroskopi och virologiska metoder för att studera hur virus övervinner glykokalyxbarriären för att nå cellytan. Fokus ligger på hantavirus, en grupp virus som uppvisar stark tropism mot det vaskulära endotelet men orsakar sjukdomar av varierande svårighetsgrad och två distinkta kliniska presentationer (hemorragisk feber eller lungsyndrom). Detta projekt kommer att använda cellmodeller med en tjock glykokalyx samt molekylärt definierade molekylmodeller av glykokalyxen. Du kommer att etablera en pipeline för spårning av virus med enskilda partiklar i tre dimensioner och analysera partikelbanor med hjälp av en kombination av etablerade spårningsalgoritmer och maskininlärningsbaserade metoder. Du kommer ytterligare att korrelera det diffusiva beteendet hos virus med distinkt patogen potential med effektiviteten av virusinträde och fastställa rollen för olika glykokalyxkomponenter i processen.

Du kommer att interagera och utveckla forskningssamarbeten med våra akademiska och industriella GLYCOCALYX-partners, och du kommer att delta i aktiviteter inom doktorandnätverket, inklusive att delta i utbildningar och praktikplatser på andra platser.

Kvalifikationer

• Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har avlagt en examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng (hp), varav minst 60 hp på avancerad nivå, eller som i någon annan ordning inom eller utom landet har förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper (HF 7 kap 39§).
• För att bli beviljad MSCA finansiering ska sökande, vid ansökningstillfället, ej ha vistats i Sverige för studier eller arbete längre än 12 månader under de senaste 3 åren.

Ansökande måste:

• Ha en magisterexamen (eller motsvarande yrkeskvalifikation eller erfarenhet) inom kemi, fysik, ingenjörsvetenskap eller liknande discipliner och ha ett starkt intresse för biologiska vetenskaper.
• Ha erfarenhet av programmering och/eller kvantitativ dataanalys.
• Ett stort intresse för att arbeta inom olika vetenskapliga discipliner, inklusive fysik, kemi och biologi.
• Utmärkta interpersonella och kommunikativa färdigheter i engelska, både skriftligt och muntligt, och förmågan att kommunicera effektivt med en mängd olika intressenter.
• Goda tidshanterings- och planeringsfärdigheter, med dokumenterad förmåga att möta snäva deadlines och hantera konkurrerande krav effektivt, ansvarsfullt och utan nära stöd.
• Dokumenterad förmåga att arbeta bra både självständigt och som en del av ett team.

Du som antas till utbildning på forskarnivå vid Medicinska fakulteten ingår i det fakultetsgemensamma forskarutbildningsprogrammet. Programmet omfattar 25 hp och erbjuds i två studietakter: 25 hp över 8 terminer (totalt 4 år) respektive över 12 terminer (totalt 6 år), med programstart varje höst- och vårtermin. Mer information om programmet går att finna på fakultetens hemsida för utbildning på forskarnivå Utbildning på forskarnivå - handbok (umu.se).

Övriga kvalifikationer

Sökande önskas också ha följande färdigheter

• Formell utbildning inom biofysik eller biologirelaterade discipliner
• Tidigare erfarenhet av laboratoriearbete
• Tidigare praktisk erfarenhet inom biologiska vetenskaper, särskilt virologi eller molekylärbiologi.
• Tidigare praktisk erfarenhet av fluorescensmikroskopi, eller till och med spårning av enskilda partiklar
• Erfarenhet av utveckling av analyspipelines för mikroskopidata.

Ansökan

En fullständig ansökan ska innehålla:

• Ett personligt brev som beskriver den sökandes anledning till att söka denna tjänst (1 sida).
• Ett curriculum vitae (CV).
• Kopior av examensbevis eller motsvarande, inklusive dokumentation av avslutade akademiska kurser och erhållna betyg
• Två referenser och deras kontaktuppgifter.

Ansökan görs elektroniskt via Varbi. Handlingarna ska vara i word- eller pdf-format. Sista ansökningsdag är 2026-03-30.

Tjänsten finansieras för fyra år och startar omedelbart eller enligt överenskommelse.

Löneinplacering sker enligt fastställd lönestege för doktorandanställning. Enligt Högskoleförordningen (12 kap, 2§) kan beslutet om anställning inte överklagas.

För mer information, kontakta Marta Bally (marta.bally@umu.se).