Doktorand i medicinsk vetenskap med inriktning mot Virologi

Arbetsbeskrivning

Du kommer att arbeta i Marta Ballys laboratorium (https://ballylab.com/) vid institutionen för klinisk mikrobiologi, Umeå universitet (https://www.umu.se/en/department-of-clinical-microbiology/), i Marie Skłodowska-Curie (MSCA) doktorandnätverk GLYCOCALYX.

Om nätverket: GLYCOCALYX sammanför 15 ledande europeiska partners i ett transnationellt nätverk som implementerar ett tvärvetenskapligt och tvärsektoriellt forsknings- och utbildningsprogram mellan akademiska och industriella partners för att undersöka självorganiseringen och barriärfunktionerna hos däggdjursglykokalyxen.

Praktiskt taget alla däggdjursceller är täckta av ett tätt och komplext lager av sockerkedjor (glykaner) som kallas glykokalyx, vilket är avgörande för flercelligt liv. Glykokalycer utför kritiska funktioner i intercellulär kommunikation, kontrollerar vävnadsutveckling, homeostas och reparation, inflammatoriska svar och immunsvar, neuronal konnektivitet och symbios med bakterier. När de dysregleras kan de främja immunsjukdomar, neurodegeneration och cancer. Glykokalycer fungerar också som den första försvarslinjen mot patogener, men vissa patogener har utvecklats för att kapa glykokalyxen för att främja infektion.

Trots sin betydelse förblir däggdjursglykokalyser biologins "mörka materia", understuderade på grund av den historiska bristen på preparativa och analytiska verktyg för att undersöka den lokala molekylära sammansättningen och övergående interaktioner mellan molekyler inom glykokalyser, samt saknade fysikregler för att tolka experimentella observationer

GLYCOCALYX-nätverket kommer att utbilda 15 doktorander i kemi, fysik och biologi, metoder och koncept som krävs för att lösa den dynamiska organisationen av glykokalyser. Projektet kommer att ge en ny nivå av förståelse för hur glykokalyser utför sina många selektiva barriärfunktioner. Doktoranderna kommer att få spetsvetenskaplig utbildning, tillsammans med industrirelevanta överförbara färdigheter, för att utrusta dem för karriärer inom medicintekniksektorn och dess underliggande forskning och innovationer.

Arbetsuppgifter

Om doktorandprojektet: Nedbrytning av endotelglykokalyx under virussjukdomar

Nedbrytning av endotelglykokalyx (EG) har associerats med en mängd olika vaskulära patologier, inklusive kardiovaskulära komplikationer i samband med virussjukdomar. Nedbrytningsprocessen medieras av enzymer som bryter ner komponenter i glykokalyxen, vilket påverkar inte bara dess sammansättning utan även dess biofysiska egenskaper (tjocklek, styvhet och permeabilitet till exempel). Nyligen har två virussjukdomar, som potentiellt kan leda till allvarliga kardiovaskulära komplikationer, visat sig associera med EG-nedbrytning: hemorragisk feber med njursyndrom (HFRS) orsakad av Puumulavirus (PUUV; ett hantavirus), och coronavirussjukdom 19 (COVID-19) orsakad av SARS-CoV-2. I båda fallen är det fortfarande oklart om det finns en direkt korrelation mellan EG-nedbrytning, patogenes och sjukdomens svårighetsgrad. De molekylära mekanismer som spelar in behöver också klargöras. Detta projekt syftar till att få en grundläggande förståelse för den molekylära mekanismen som ligger bakom nedbrytning av endotelglykokalyx under virusinfektioner; Det syftar vidare till att fastställa en korrelation mellan sjukdomsstadium/svårighetsgrad och glykokalyxens biofysiska egenskaper.

I detta projekt kommer du att använda en kombination av analytiska och biofysiska verktyg baserade på optisk pincett, atomkraftsmikroskopi och avancerad fluorescensmikroskopi för att karakterisera de biofysiska egenskaperna hos endotelglykokalyxen med lämpliga cellulära och molekylära modeller av glykokalyxen. Studier kommer att utföras med både renade glykokalyxnedbrytande enzymer samt blodplasmaprover från patienter stratifierade över sjukdomsstadier och svårighetsgrad, för att systematiskt undersöka hur glykokalyxens biofysiska egenskaper förändras när den bryts ner. Utöver detta kommer du att ansvara för att karakterisera patientproverna med avseende på förekomsten av glykokalyxnedbrytningsprodukter och glykokalyxnedbrytande enzymer, för att ytterligare karakterisera de viktigaste molekylära aktörerna.

Du kommer att interagera och utveckla forskningssamarbeten med våra akademiska och industriella GLYCOCALYX-partners, och dessutom kommer du att delta i aktiviteter inom doktorandnätverket, inklusive att delta i utbildningar och praktik på andra platser.

Kvalifikationer

• Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har avlagt en examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng (hp), varav minst 60 hp på avancerad nivå, eller som i någon annan ordning inom eller utom landet har förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper (HF 7 kap 39§).
• För att bli beviljad MSCA finansiering ska sökande, vid ansökningstillfället, ej ha vistats i Sverige för studier eller arbete längre än 12 månader under de senaste 3 åren.

Du som antas till utbildning på forskarnivå vid Medicinska fakulteten ingår i det fakultetsgemensamma forskarutbildningsprogrammet. Programmet omfattar 25 hp och erbjuds i två studietakter: 25 hp över 8 terminer (totalt 4 år) respektive över 12 terminer (totalt 6 år), med programstart varje höst- och vårtermin. Mer information om programmet går att finna på fakultetens hemsida för utbildning på forskarnivå Utbildning på forskarnivå - handbok (umu.se).

Ansökande måste:

• Ha en magisterexamen (eller motsvarande yrkeskvalifikation eller erfarenhet) i kemi, fysik, biomedicin, biologi, biomedicinsk teknik eller en relaterad disciplin, med ett starkt intresse för biologiska eller medicinska vetenskaper,
• Ett stort intresse för att arbeta inom olika vetenskapliga discipliner, inklusive fysik, kemi, biologi och medicinska vetenskaper,
• Utmärkta interpersonella och kommunikativa färdigheter i engelska, både skriftligt och muntligt, och förmåga att kommunicera effektivt med en mängd olika intressenter,
• Goda tidshanterings- och planeringsfärdigheter, med dokumenterad förmåga att möta snäva deadlines och att hantera konkurrerande krav effektivt, ansvarsfullt och utan nära stöd,
• Dokumenterad förmåga att arbeta både självständigt och som en del av ett team.

Övriga kvalifikationer

Sökande önskas också ha följande färdigheter:

• Tidigare praktisk erfarenhet av fluorescensmikroskopi, atomkraftsmikroskopi eller optisk pincett,
• Tidigare erfarenhet av våtlaboratoriumarbete inom biologiska vetenskaper, särskilt virologi eller molekylärbiologi.

Ansökan

En fullständig ansökan ska innehålla:

• Ett personligt brev som beskriver den sökandes anledning till att söka denna tjänst (1 sida).
• Ett curriculum vitae (CV).
• Kopior av examensbevis eller motsvarande, inklusive dokumentation av avslutade akademiska kurser och erhållna betyg.
• Två referenser och deras kontaktuppgifter.

Ansökan görs elektroniskt via Varbi. Handlingarna ska vara i word- eller pdf-format. Sista ansökningsdag är 2026-03-30.

Tjänsten finansieras för fyra år och startar omedelbart eller enligt överenskommelse.

Löneinplacering sker enligt fastställd lönestege för doktorandanställning. Enligt Högskoleförordningen (12 kap, 2§) kan beslutet om anställning inte överklagas.