Till sin hjälp har prefekten olika råd och arbetsgrupper som förbereder ärenden.
Forskningsstrategiska rådet
Bereder frågor rörande forskning och leds av biträdande prefekt Magnus Wolf-Watz.
Rådet för utbildning på grund- och avancerad nivå
Behandlar frågor rörande utbildning och kurser, liksom ansvar för institutionens rekryteringsarbete. Leds av biträdande prefekt Karina Persson.
Forskarutbildningsråd
Utgör ett generellt forum för alla frågor som rör forskarutbildning och är en remissinstans rörande forskarutbildningsfrågor. Leds av biträdande prefekt Erik Björn.
Infrastrukturrådet
Bereder frågor rörande infrastrukturen inom institutionen. Leds av biträdande prefekt Madeleine Ramstedt.
Administrativ stödfunktion
Till stödfunktionen tillhör ekonomi, HR, studie, administration samt kommunikation. Stödfunktionen leds av administrativ chef Rosita Lundberg.
Service och IT
Till servicefunktionen tillhör KBC Servicecenter, KBC-IT och Kemiförrådet. Dessa områden leds av servicechef Clas Wikström.