Hoppa direkt till innehållet
printicon
Huvudmenyn dold.

Johan Trygg - Chemometrics Lab

Forskargrupp Vi använder avancerad dataanalys för att förstå komplexa biologiska system med hjälp av datadrivna modelleringsverktyg.

Vår forskning fokuserar på avancerad dataanalys inom life science och använder modern datavetenskap och tekniska verktyg för att utveckla beräkningsmodeller för att förstå, simulera och förutsäga beteende hos komplexa biologiska system.

Vi kombinerar multivariat analys, djupinlärnings och ingenjörsmodelleringsverktyg och -metoder i öppna och strategiska samarbeten med akademiska ledare och branschpartners.

I vår grupp har vi alltid lagt starkt fokus på multivariat dataanalys (MVA). Här omfattar utvecklingen OPLS och flerblocksmetoder (O2PLS, ONPLS, JUMBA) som är särskilt etablerade i ”-omiska” discipliner, i synnerhet i metabolomiska. Sådana metoder har genomgående visat förbättrad biologisk tolkning och identifiering av korrelativa biomarkörer, vid allt från storskaliga biologiska studier till mindre kliniska studier. Vi fortsätter med aktiv forskning inom området flerblocksanalys och dataintegration.

Utformning av experiment är ett annat fokusområde som är avgörande för att generera högkvalitativa och representativa data inom livsvetenskap, däribland provurval och experimentella arbetsflöden inom livsvetenskap där vi fortsätter en aktiv forskningslinje.

Inom systembiologisk forskning inriktar vi oss på integrering av biologisk information över flera fenotypiska och ”-omiska” plattformar. Här utvecklar vi kontinuerligt multivariata verktyg och strategier för att analysera och integrera “-omiska” data för att förbättra tolkningen av biologiska data. Under de senaste åren har vi även lagt till moderna datavetenskapliga verktyg, däribland djupinlärning och mekanistiska modelleringsverktyg och metoder i våra beräkningsarbetsflöden.

Nyligen genomför vi även projekt inom analys av storskalig cellavbildningsdata (1 miljard celler) inom JUMP-konsortierna (PI: Broad Institute/Anne Carpenter) med fokus på att skapa en global fenotypisk atlas för läkemedelsupptäckt och läkemedelsutveckling, detta även i samarbete med biofarmaceutisk industri. Detta innefattar bildbaserade analyser med högt innehåll och hög genomströmning som används för att bedöma effekterna av molekyler och genetiska störningar på celler med hjälp av maskininlärningsmetoder. 

Forskningsledare

Johan Trygg
Professor
E-post
E-post
Telefon
090-786 69 17

Översikt

Medverkande institutioner och enheter vid Umeå universitet

Kemiska institutionen

Forskningsområde

Infektionsbiologi
CASP en ny bro mellan life science och datavetenskap

Plattformen stöder forskare med analys av deras data för att förstå komplexa kemiska och biologiska system.

1,6 miljoner celler förbättrar AI-baserad tolkning av mikroskopibilder

Den storskalig resursen möjliggör de senaste AI-metoderna för att urskilja celler automatiskt vid mikroskopi.