Information till medarbetare med anledning av covid-19 (Uppdaterad: 21 oktober 2020)

Hoppa direkt till innehållet
printicon

DNA-streckkodning av marina växtplankton

Forskningsprojekt Analys av växtplankton är en viktig del av övervakningen av havsmiljön, och ger viktig information om havsmiljöns tillstånd. Analyserna baseras idag på mikroskopi. DNA-analys har diskuterats som komplement till mikroskopering. Projektets mål är att göra en heltäckande jämförelse mellan DNA- och mikroskopering av växtplankton.

Projektet genomförs av ett team av forskare från Umeå universitet, KTH och SMHI, med komplementär kompetens inom planktonekologi, miljöövervakning, molekylärbiologi och bioinformatik.

Projektansvarig

Projektöversikt

Projektperiod:

2019-01-01 2021-12-31

Finansiering

Projektet finansieras av Naturvårdsverkets miljöforskningsanslag i samarbete med Havs- och vattenmyndigheten.

Forskning om DNA-metoder inom miljöövervakning, Naturvårdsverket

Havs- och vattenmyndigheten

Forskningsämne

Biologi, Miljövetenskap, Molekylärbiologi och genetik

Projektbeskrivning

Medverkande institutioner

Referensgrupp

Professor Bente Edvardsen, Oslo universitet, Norge
Dr Uwe John, Alfred Wegener Institute, Bremerhaven , Tyskland
Dr Elisabeth Sahlsten, Havs- och vattenmyndigheten, Sverige
Miljöekolog Anna Dimming, länsstyrelsen Västra Götaland, Sverige

Projektets bakgrund, plan och mål

Att analysera växtplankton är både tidskrävande och kräver personal med hög kompetens. Metoden har också begränsningar – exempelvis kan inte de allra minska cellerna identifieras med hjälp av mikroskopanalys. Därför har DNA-analys diskuterats som ett komplement till mikroskopanalyserna, eller för att delvis ersätta den tidskrävande mikroskoperingen. DNA-analys förväntas kunna bli en relativt exakt och reproducerbar metod, men har också begränsningar. För att kunna användas inom miljöövervakningen krävs att metoden utvärderas, och att jämförelser görs mellan DNA- och mikroskopanalys.

Växtplankton med nyckelroll

Att noggrant följa utvecklingen av växtplanktonsamhällena i havet är en viktig del av miljöövervakningen. Växtplankton utgör grunden för marina näringsvävar, och har en nyckelroll i globala biogeokemiska cykler. Förändringar i växtplanktonsamhällenas sammansättning och förändrad förekomst av skadliga alger ger signaler om miljöproblem och klimatförändringar.

Utvärdering av sekvensering

Projektets huvudsyfte är att utvärdera högkvalitativ sekvensering (DNA-analys) som ett verktyg för att undersöka mångfalden av växtplankton i haven runt om i Sverige, med särskild inriktning på icke-inhemska arter och skadliga alger. Undersökningen kommer att göras på vattenprover som samlas in inom det svenska marina övervakningsprogrammet, vilket täcker alla större havsområden kring Sverige.

Projektets mål är att göra en heltäckande jämförelse mellan DNA- och mikroskopianalys av växtplankton. Vi kommer att:

  • optimera provtagning och provbehandling och upprätta standardprotokoll

  • utveckla och utvärdera en förbättrad metod för att identifiera växtplankton baserat på sekvensering av en längre region av rRNA-operon

  • harmonisera referensdata i DNA-databaser med traditionella taxonomiska klassificeringar.

 

 

Artiklar för alla!