MIMS Investigators

Lars-Anders Carlson

Jag är fascinerad av hur virus möblerar om inuti de celler som de infekterar. Ett positivsträngat RNA-virus har ofta ett genom med en enda gen och cirka tiotusen baser, men det kan ändå helt omforma cytoplasman inom några timmar efter infektionen. För att förstå hur detta går till kombinerar vi metoder som biokemisk rekonstitution och strukturbiologi in situ (kryoelektron-tomografi). 

Laura Carroll

(Meta)genomisk sekvensering spelar en allt viktigare roll inom klinisk mikrobiologi och folkhälsa. Därför växer mängden offentligt tillgängliga (meta)genomiska data från mikrober, inklusive patogener, snabbt. Som beräkningsmikrobiolog utvecklar och använder jag bioinformatiska metoder, som kan söka i dessa massiva datamängder för att förbättra patogenövervakning, källspårning, utbrottsdetektering och riskbedömning.

Andreas Luttens

Vi utvecklar RAPID (Robust Accelerated Protease Inhibitor Discovery) – en plattform för läkemedelsutveckling som ska göra det möjligt för Sverige att snabbt reagera på nyuppkomna patogener genom att avsevärt förkorta tiden mellan utbrottsidentifiering och terapeutisk intervention. Genom att integrera högkapacitetsbaserade experiment med djupinlärning är plattformen utformad för att leverera potenta antivirala kandidater inom tidigare oöverträffade tidsramar. Utöver pandemiberedskap möjliggör den modulära arkitekturen en effektiv anpassning till ett brett spektrum av sjukdomsområden. 

Annasara Lenman

Hantavirus är zoonotiska patogener som tar sig in i människokroppen via inandning, men som huvudsakligen replikerar i endotelceller. Detta väcker en grundläggande fråga: hur passerar virusen luftvägarna för att nå sina verkningsställen? Vår hypotes är att HFRS-orsakande hantavirus etablerar infektion i respiratoriska epitelceller som ett avgörande första steg i sin livscykel, samt att virus med olika virulens utnyttjar skilda molekylära mekanismer för att korsa epitelbarriären och infektera endotelceller. Med hjälp av avancerade primära 3D-lungmodeller, samodlingssystem samt integrerade transkriptomiska, proteomiska och enkelcellsbaserade RNA-sekvenseringsmetoder avser vi att identifiera värdfaktorer och molekylära nätverk som reglerar tidiga infektionshändelser och påverkar sjukdomens svårighetsgrad. Baserat på dessa data kommer vi även att undersöka hur hantavirusinfektion involverar det så kallade dark proteome. 

Kristoffer Sahlin

Den snabba utvecklingen inom DNA-sekvensering har lett till en kraftig ökning av antalet genom i offentliga databaser. De flesta analyser av sekvensdata kräver att läsningar mappas mot referensdatabaser, men i många tillämpningar har detta blivit allt svårare till följd av databasernas snabba tillväxt. Trots att många effektiva algoritmer för läsningsmappning har utvecklats, är dagens ledande metoder ofta inkompatibla med effektiva algoritmer för externminneshantering, på grund av sin underliggande design. Min forskning syftar till att övervinna denna begränsning genom att utveckla nya, skalbara externminnesalgoritmer för läsningsmappning, vilket möjliggör tidigare oåtkomliga genomanalyser av mycket stora sekvensdatabaser. 

Max Renner

Vår forskargrupp studerar hur virus organiseras och replikerar, med särskilt fokus på humana respiratoriska patogener. Vi använder främst biokemiska, strukturbiologiska och molekylärvirologiska metoder för att bättre förstå arkitekturen hos viruspartiklar samt de replikationsfabriker som de bildar i infekterade celler. I slutändan syftar vår forskning till att ge mekanistiska insikter i samspelet mellan virus och värd och att identifiera sårbarheter i patogeners livscykler.